近几年，随着我国经济的蓬勃发展，高校科研与政府、企业的合作联系也逐渐紧密，所承担的科研项目越来越多，科研经费也随之大幅度的增长，近来，科研经费数量的多少已成为衡量高校实力的一个重要条件。然而，如何加强科研经费的管理是目前许多高校面临的严峻问题，科研经费管理有效性差普遍存在，从政府到高校，都在积极探索合理管理的制度，使科研经费既能合理的使用又能激发科研工作者的积极性，创造更多的社会价值。
一、目前科研经费管理存在的问题
(一)科研经费预算编制不规范
目前，国家在科研项目支出科目、预算定额等方面还没有制定出科学系统的预算定额标准，科研人员并非财务人员，预算观念淡薄，只把科研预算作为争取科研经费的环节之一，前期可行性调查不到位，不进行足够的调研和科学的测算，编制出的经费预算不准确，预算内容不全面，凭以往的经验和估计填列出预算数据，缺乏前瞻性、合理性和规范性要求。
(二)缺乏全面准确的成本核算
教学资金与科研资金来源于不同的资金渠道，在使用时，要按规定计入各自的成本，但是在实际中，通常很难严格的将两者成本准确核算。高校的科研人员大多是教学、科研双肩挑，科研工作与教学工作有着密切联系，用于实验教学的材料经常被用于科研项目的实验，例如，教学用固定资产用于科研的使用费，从事科研使用的水电费等支出不计入科研成本，而是全部在教育事业费中列支;科研人员的超比例提取津贴、酬金;在报销费用时，发票中所列的明细项目与实际支出情况不符;在人工费的开支上，虚构人员或假借学生身份套取助研补贴，使项目成本核算难以实现实事求是的原则。高校科研项目的成本只是部分地从科研经费中得到补偿，科研成本严重的挤占、挪用了学校的教育事业经费。
(三)内部管理和监督机制不完善。
在高校中普遍存在科研经费管理监督机制不健全，科研经费的专项审计工作流于形式，支出不合理，甚至发生违规调账。有的科研人员，为了逃避上缴管理费，将争取到的横向科研经费挂靠外单位，躲避学校对资金的监管;有的为了套出现金，用大量与实际不符的票据报销，如招待费、交通费等;许多项目结题不结账，在项目完成后相当长时间内一些项目负责人还继续使用科研项目结余经费列支费用，疏于对结余资金的管理。
因此高校科研经费管理普遍存在有效性差的问题，探索科研经费管理的途径与办法已成为提高科研水平，保证科研成果质量的关键所在。只有加强科研经费管理，才能合理分配使用、充分发挥现有科研经费的效益。
二、影响高校科研经费管理的因素
高校科研经费管理有效性的影响因素是多种多样的，想要有效管理科研经费，需要从以下几方面进行改进。
(一)编制科学、合理的预算管理制度
高校科研经费的预算管理工作，应由科研管理部门、财务管理部门、课题负责人三方共同协作编制更为科学合理。科研管理部门应该制定统一的科研经费预算管理制度，制定合理的、可操作的预算程序，以及科研计划预算编制办法和说明，对科研经费预算的编制原则、编制要求、编制规程提出具体的要求，提高预算的可执行度。对科研人员来说，科研经费预算的编制，应坚持实事求是的原则。具体经费预算依据科研项目申报书中规定的研究任务进行。编制预算要对整个课题研究过程中可能发生的所有费用，包括直接费用和间接费用进行预算，按照全额成本支出原则，并且将上报的经费预算在学校财务、科研管理部门备案。对财务部门及财会人员而言，应尽早介入科研项目，及时提供财会服务及进行财会监督，使科研人员及时获得财务信息的支持，编制更科学合理的预算。
(二)建立和完善全额成本核算制度，规范科研经费的使用
根据教财[2005]11号文件指出的，项目管理费、人员经费、业务费等支出是科研经费支出的合理组成部分，各高校应通过逐步建立和完善全额成本核算制度，确定项目管理费、人员经费、业务费等支出的合理水平。为了控制具体科研项目的支出金额，在使用科研经费的过程中，财务部门在建账时，应依据项目预算书中的各类明细支出项目增设相应的明细科目，设置每项明细科目的预算限额。在经费支出的的实际操作、核算过程中，严格执行预算限额制度，对符合规定的且在预算限额内的票据予以正常报销，超出预算限额的支出，就不予以报账。这样项目负责人就能在前期更加详细地对经费项目支出进行合理估计，有效地避免经费的预算内容与实际开支相脱离，增强了预算编制的准确性、科学性。
在纵向课题经费开支上，科技部门、财务部门应严格规定科研经费的开支范围与开支标准，人员经费、管理费、协作研究费，对这三项经费预算比例不能随意调整;人员费不能用于人员奖励，应根据国家相关标准和研究人员的工作量，在批复的预算内据实支出;项目管理费用应在项目管理人员费用和其他规定的行政管理支出;项目中使用学校的现有仪器设备和房屋的使用费或折旧费等，应按照财务制度规定合理的分摊计入课题成本。
在横向课题经费开支上，应建立兼顾学校、院系和科研人员个人利益的收入分配激励机制，以充分调动科研人员的积极性。财务部门要按科研收入的一定比例弥补科研活动中消耗的使用学校教学设备耗用的直接材料、直接人工、仪器设备和房屋的使用费或折旧费等。并在项目结题后进行财务分析，使科研经费发挥更大的经济效益。
(三)建立、健全科研经费使用的内部审计制度
1.加强内控制度审计，促使科研经费依法管理。首先要做好科研经费内部管理制度建设情况的审计，看是否包含针对当前科研经费管理和使用当中存在问题的相关解决原则和制度。结合学校实际，建立和完善本校的科研经费管理办法，使学校科研经费的管理更加科学化、规范化、系统化。
2.做好科研经费使用合规性审计，规范经费使用行为。认真做好科研经费使用合规性审计，加大科研经费财务管理的约束力度，严格控制经费的开支范围与标准，有利于防止滥用科研经费违反财经纪律的行为。科研经费使用合规性审计重点有：学校财务部门是否统一管理科研经费，杜绝科研经费脱离学校监管形成经费使用体外循环等现象;经费报销是否符合规定，票据是否合法真实，签字是否齐全;各项支出是否严格按合同要求，专款专用;项目管理费、劳务费、人员经费开支是否超出规定比例开支;是否有结题不结账，结题后仍长期挂账报销科研经费等变相截留科研经费的违反财经纪律现象。通过一系列措施规范科研经费使用行为，提高科研经费使用效益。
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