当前，电子政务正步入深水区。与以往电子政务的发展阶段存在着重大区别的是，现在的电子政务发展都越来越牵涉机制和体制。也就是说，现在电子政务发展的推动力已经主要不是靠技术，而是管理论文" target="_blank">行政管理体制的改革。一方面，行政管理体制的改革需要电子政务来做支撑;另一方面，电子政务的发展也需要改革来推动。当前，电子政务的潜力和动力还有非常大的空间可以发挥，电子政务在行政领域的作用和重要性还需要进一步增强。
电子政务发展中暴露的一些问题，制约了其巨大潜力的释放，应该引起电子政务利益相关者的高度重视。
一是，电子政务的管理机制、组织化和投资机制问题。电子政务的推进需要人、财、物，更需要有一个架构良好、权责分明、上下互动的组织机制来做保障。
二是，电子政务的绩效评估问题。目前中国各级政府和各个部门都对电子政务建设进行或多或少的投资。据有关研究机构的统计，每年的投资额高达数百亿。但是这些项目的建设成果如何，存在哪些问题，以及如何改进等等并没有清晰的答案，重要原因之一就是还未建立科学、规范和实用的电子政务绩效评估体系。
三是，电子政务能力建设。电子政务建设不仅是系统的建设，而且是与系统应用相关的各种要素的有效配合。能力建设，特别是公务员应用电子政务的意识、技能和态度等的培养，当前电子政务的主要问题与思考，关系着政务服务的质量和效率、更关乎着电子政务的成败。
四是，用户培养问题。过去我们对用户的关注比较少，因为主要在“打基础、上项目”阶段。随着我国电子政务由建设期在向应用期过渡，我们应该向应用要效益。电子政务的用户不仅包括广大的公众、企业组织，也包含政府公务员，这些群体是电子政务的大“市场”。从供需角度来看，公众(和企业)就是政府大“市场”的客户，客户就是上帝，公众就是中心。
五是，均衡发展问题。政府是一个整体，在电子政务建设的初期，电子政务建设在各个部门和地区并未起头并进，而是有先有后，有弱有强，整体发展水平参差不齐，形成了政府内部显著的数字鸿沟。
六是，外包、IT产业与信息化带动问题。根据统计，2006年中国市场的运维外包规模达到59.24亿元，同比增长22.3%。在中国，电子政务的深入发展，催生了中国IT运维外包服务市场的崛起和发展。电子政务采用外包的方式，寻求策略性外包，寻求成本与人才的优势，使政府本身可以专注于核心工作，提高工作的附加值和成长弹性。
中国的信息化发展问题包括了从具体的国产软件采购到信息化规划战略都与电子政务息息相关。可以说，电子政务对中国信息化的扶持和带动决定了中国信息化发展的走向和命运。
国家信息化的实现是一个崭新的系统工程，需要一整套的政策和制度予以保证，需要从政府管理、政策法规、财税环境等方面予以配合，需要从多个角度予以整体推进。这一持续渐进、整体变迁的过程需要电子政务的领头、示范和引导作用。拉动中国信息化建设需要电子政务先行。
