会计电算化是指在进行财务管理时，利用先进的计算机技术，以计算机替代人工，进行有关财务处理，它是企业的内部管理制度的重要组成部分，能够为会计信息的可靠性、有效性提供重要保障。然而，随着时代的发展，为了能够应对国内、国外的挑战，就需要优化会计电算化的内控制度，不断改进与完善现阶段存在的问题，从而为事业单位的发展创造一个更好的内部管理制度。
一、现阶段事业单位会计电算化内控制度存在的问题
随着科学技术的广泛应用，会计电算化也在各个事业单位得到了普及，虽然会计电算化实现了事业单位内部管理制度的优化，推进了事业单位内部系统的完善，随着时代发现也逐渐出现了一些新的问题。下面笔者就关于现阶段事业单位会计电算化内控制度存在的问题进行分析。
1、会计核算仍有不规范的地方
会计核算不规范是目前会计电算化内控制度存在的一个重要问题。它严重影响着事业单位会计信息的真实性与可靠性。现阶段事业单位会计核算不规范主要表现在两个方面。一方面表现在会计的原始凭证管理不够规范。由于人为的原因，往往有时候原始凭证的内容没有填写全，且没有对必填项进行有效的规定，且在进行原始凭证审核时，审查过程较为简单、粗糙。另一方面表现在事业单位的财务核算处理也存在的不规范的现象。有的单位在进行年终结账时，通过收入和之处相对转，没有进行详细的结余计算，也没有进行详细的明细核算等。
2、会计电算化内控制度不完善
要想具有高效的电算化内控制度，就需要建立行之有效的组织分工制度，有效的行为准则和规章。然而，有效单位在进行会计电算化内控制度建立时，往往只建立了较为简单的操作办法与内容，没有一套较为完善的行政制度，也没有对会计内部财务管理支出标准进行确立，更没有实行有效的制约体制。
3、加强会计内控制度的意识弱
要想应对现阶段时代发展的挑战，要想实现事业单位内部建设更为完善，就需要事业单位的内部管理人员能够有立足时代进行的当代环境，具有加强会计内控制度的意识。然而，从现实来看，各个事业单位的领导不仅不重视对会计电算化制度的加强建设，还根本对其不了解、不认识。所以，财务部门在进行会计电算化内部控制加强建设时，就缺乏了一个强有力的后盾支持。因此，事业单位的有关人员对加强会计内控制度的意识较弱也是现阶段存在的重要问题。
二、加强事业单位会计电算化内控制度的有效措施
由于现阶段事业单位会计电算化内控制度存在着一些问题，所以，为了能够保证会计信息的可靠性与真实性，为了能够建设更好的会计电算化内控制度促进事业单位有效性发展，就需要对阵下药，不断探索改善问题的有效措施，不断优化会计电算化内部控制体制，从而实现事业单位更长足的发展。
1、推进会计原始凭证的规范建设
要想加强事业单位会计电算化内控制度，要想实现事业单位会计电算化的规范化进行，就需要从会计的原始凭证抓起，严格审核各项凭证的内容的可靠性与真实性，严格规定各项填写内容的有效性、明确性。所以，为了实现原始凭证的真实，就需要利用现代化的高新科技，利用电子技术，建立一套高效的智能数据控制程序，利用计算机实现对各种凭证的识别，从而在实现自动化、效率化的基础上，增加凭证的真实性，防止工作人员的有意或无意的疏漏。
2、建立健全会计电算化内控制度
建立健全会计电算化内控制度，是完善事业单位会计电算化建设的重要保证，也是关键途径。所以，为了实现会计电算化的内控有效性，就需要建立一套完善的收支标准，制定完善的有效管理机制，合理的进行会计财务人员安排，实现高效的组织分工制度，并利用适合事业单位的财会软件，从而使整个事业单位的财务活动，能够在一个较为良好的外部与内部行政环境下，实现内控制度的优化，使整个事业单位的会计电算化内控制度能够在良好的制度保证下得以完善运行，进而使得整个事业单位能够在良好的内控制度下，实现工作效率的提高与单位的长足发展。
3、强化完善企业电算化内控制度意识
加强事业单位会计电算化的内控制度建设就需要灌输事业单位有关人员的完善会计电算化内控制度建设的意识。所以，一方面，就应该让有关领导不仅能够实现对单位会计电算化的内控的详细了解，还能够认识到完善单位会计电算化内控制度的好处，进而能够具有优化企业会计电算化内控制度的意识，并支持财务部门优化会计内控制度建设的行为。另一方面，就应该加强有关会计内控人员的建设，明细各个人员的权责，实现相互监督、相互牵制的工作机制，从而实现事业单位会计电算化的内控制度优化建设。
加强事业单位会计电算化的内控制度建设是时代发展的必然要求，是推进事业单位长足发展的重要途径，所以，为了能够更好的实现会计信息的可靠性、安全性与真实性，就需要不断探索优化内控制度的有效方法，不断提升事业单位的会计工作水平，从而推进事业单位的会计电算化的内控制度向更优、更深层次发展。
