一、高校会计电算化信息系统内部控制存在的问题
（一）缺乏足够的会计电算化信息系统控制
当前，各大高校所使用的会计电算化软件不一致，其软件系统还普遍存在着安全性与实用性较差、系统不符合标准要求，部分高校所使用的软件系统甚至是非正版的会计软件。而这种有缺陷的软件系统将给高校的财务会计工作带来一定的影响。系统安全运作控制较差。要想会计电算化信息系统正常、稳定运作，就必须加强系统的日常维护与管理。然而在会计电算化的工作当中，一些高校会计部门仅仅是对之前手工系统会计工作人员进行整合，并没有聘请专业的电算化系统管理人员，对电算化系统没有进行有效的维护，同时也没有对网络安全运行进行有效的监督与管理。一旦发生问题不能及时对其进行维修，无法确保会计电算化系统的正常运行。
（二）日常业务控制力度不足
1.业务流程控制方面。在高校的会计电算化中，其业务流程具体是对程序加以检查，在出现经济时，利用计算机中的控制程序检查并控制业务的完整性与合法性。然而在高校日常业务控制中，存在着诸多的问题，例如思虑不周，检查不全面，通常是在发生问题时才展开检查与补救的措施，进而导致高校会计电算化系统内部控制的落后。
2.财务审批制度方面。在高校会计电算化的日常业务控制当中，财务审批是其中最为重要的一个部分，高校必须采取权限、范畴、程序责任等方面的审批体制，完善财务管理。当前，高校中出现浪费资金的现象，大部分是由于不健全的审批制度以及没有贯彻执行制度而导致的。
（三）内部审计监督力度不足
审计技能较差。内部审计在高校的会计内部控制中发挥着不可取代的作用。然而，目前很多高校的会计工作人员并不了解会计电算化信息系统，思想落后，没有掌握会计电算化信息系统的工作方式与内部控制的手段，进而造成会计电算化信息系统无法发挥监督与管理的作用。
（四）缺少相对应的内部管理制度
在高校中运用会计电算化信息系统，使得会计核算形式与内部控制环境发生了一定的改变，传统的手工操作系统中的内部控制管理体制已经难以满足当前的发展需要。在当前的大背景下，缺少一个和会计电算化信息系统内部控制相匹配的内部控制管理体系，以便对高校的会计电算化工作进行规划化管理。
二、改进高校会计电算化信息系统内部控制的对策
（一）加强领导层对内部控制的重视程度
高校会计内部控制水平的提升，能够确保电算化信息的安全可靠，并且可以为领导层的决策提供有力的理论依据。在《内部会计控制规范》中指出，单位领导人必须对自身单位的内部会计控制的构建与实行承担一定的责任。
（二）制定并完善会计电算化的制度法规
会计电算化在快速发展，且逐渐朝信息技术一体化方向发展时，有关会计电算化的犯罪行为已经变成新型犯罪之一。当前，由于有关会计电算化方面的制度法规还不够健全，难以对该类犯罪行为加以控制与管理。
（三）提升会计电算化软件系统的控制
要想会计电算化在高校中充分发挥其优势，提升财务管理方面的服务质量，就必须做到以下三点：1.必须选择正版软件，不能使用没有通过杀毒或者是检验的软件系统，对于一些外来的磁盘，必须通过检查且确保合格之后方能上机使用。2.在登录系统的过程中，设定一个口令，避免不相关的人员非法入侵系统。3.针对会计电算化信息系统内的各个模块、各个子系统，同样必须设定一个口令，避免非法人员的入侵，进而确保高校的财务会计工作不会受到影响。
（四）提升会计电算化信息系统的安全控制
会计电算化信息系统的安全往往会受到各种因素的影响，进而导致系统发生故障，例如自然灾害、程序结束操作不正常等等。为了确保计算机的安全运行，预防因为外在因素而造成的系统运行错误，必须采取有效的、相对应的措施，具体有：1.明确内部操作的规定与制度，并非会计人员不能进行计算机操作。2.对计算机操作设定权限。3.严格控制操作人员的身份密码。4.对操作和接触的日志进行有效的管理与控制。5.信息数据的存储和处理必须分开。尽可能的避免外部因素对计算机带来不安全隐患，确保计算机的正常、稳定的运作。
（五）提升会计电算化的档案管理
在高校的财务会计管理工作中，传统的管理手段即手工操作，通过报表、凭证以及账簿等方式，将各种财务信息数据记录在纸质上，对会计的账本、凭证的调整、修改、增加、删除等，均能从不同的印章与签字来对责任进行划分。然而在会计电算化实行之后，与传统的工作相比，会计电算化在有形记录方面比较少，各种各样的信息与数据均依靠计算机才能输入、查找、阅读。为了预防会计电算化信息的操作风险，应该提升会计档案的控制与管理，高校的财务会计工作人员不但要对纸介质的会计资料进行保存，同时也必须对磁性介质下储存的会计数据资料进行保存，此外，还必须对系统开发运作中的各个会计资料与文档加以保存。
在整个会计发展历史当中，会计电算化是一个极为重大的改革，它对会计工作带来了极为深远的影响。在高校的财务会计管理当中，会计电算化打下了坚实的基础，利用会计电算化信息系统处理会计数据，使工作效率得到明显的提升，使得会计工作人员由繁杂的工作中脱离出来，加入到高校财务的决策与管理当中，极大的提升了会计数据资料的搜集与处理的能力，使信息数据更加的真实、准确以及可靠，进而有效加强会计分析的决策水平。而加强高校会计电算化的内部控制，可以促使会计工作的标准化与规划化发展，进而提升会计工作的质量，从而确保高校财务会计管理的正常、有序进行。
