公立医院兼具事业和企业双重属性，其财务管理存在弊端。
一、制度建设缺失
财务管理不专业和涉财权力运行不规范，会直接导致制度建设缺失。通过分析一些县、市级医院财务运行现状，有三方面问题：一是预算编制存在漏洞，一般是在上年基础上适当调整有关项目来编制当年预算，很容易出现账目虚报、执行追加较多等问题。同时，预算内容仅包含业务收支预算，无筹资预算，财务运行存在风险。二是资金使用不规范，审批流程不严密，对资金使用的审查也不严格，缺乏绩效评价和追责机制，呆账、坏账得不到及时处理。三是缺乏科学的财务风险评价系统，管理者很难从现有的会计数据中得到对医院财务风险的预警提示。这些制度建设的缺失，势必造成管理行为的粗放甚至随意。比如大额度资金决策使用、药品采购的决策实施，以及基建项目决策安排等等。
二、内控管理不力
会计处理系统解决了财务运行中很多环节上的人为因素干扰，但一些医院会计信息系统的系统操作、岗位分工、数据保密和会计档案管理等方面的工作不够健全，网络运行的稳定性和数据的安全性受到一定影响。同时院内网络系统和资源没有实现互联共享，各方面各自为阵形成信息孤岛，能够汇集到财务核算的数据非常有限，以会计为核心、预算为主线，物流和成本为基础、绩效薪酬为杠杆的医院运营管理系统难以有效实施。同时，内审机构设置不合理，人员配备不足，工作定位不够准确，在医院绩效、业务稽核、采购成本控制等方面存在一定空白区，难以发挥审计应有的作用。据调查了解，目前县、市级医院内部审计建设普遍薄弱。内审机构没有明确的业务设计，一般是配合医院管理实施专项审计调查和专项审计调研，以事后查找问题、寻找管理的瑕疵为出发点，在真正需要的风险防控方面作用甚微，处于比较尴尬的局面。
三、专业队伍薄弱
行政化的组织和制度模式在公立医院集中表现为政府对医院经营管理的控制，无论是机构设置、功能定位、等级确定、资金流转、还是人事任免、职称评定、工资待遇、绩效奖惩等都基本按照政府相关规定和程序进行。有的医院管理者认为医院是非营利组织，有政府的扶持，不会像企业一样发生财务危机导致破产，财务管理压根没有被摆到应有的位置，财务科是一个账房，缺乏专业的管理思维和系统的财务风险防范观念，仅限于对日常会计信息的处理。加之治理结构不完善，不少医院非专业人员分管财务，不设置财务总监，医院财务运行缺乏整体构架战略和动态科学评价，医院财务风险管理受到很大局限，一定程度上加大了公立医院财务风险发生的可能性与后果的严性，风险征兆出现之前认识不够，不会主动进行规避，出现问题时就会束手无策。
四、债务负担沉重
随着公立医院经营业务的快速发展，患者数量骤增与医院软硬件设施匮乏的矛盾日益突出，医院对先进医疗设施和更大的医疗场地的需求，促使医院不断扩大自身的运作规模。而财政资金不足，某医院资料反映，20052014年10年间，医院为改善条件而筹借的款项达到近1.4亿元，是财政补贴的20倍。医院不仅要承担绝大部分基础建设和设备投入资金，同时原来由政府负担的各项社会福利补助以及社会医疗欠费等目前全部由医院自主负担，医院各项医疗费用负担的比重逐渐加大，而目前医院的项目收费标准仍然是按照政府的定价执行，政府部门因医疗项目繁多又无法根据市场的变动情况及时对医疗收费标准进行修正，造成许多诊断、检查收费定价远远低于成本，不可避免形成医疗服务政策性亏损。医院自有资金和补助无法满足医院发展需要时，就必然借助银行贷款，通过市场手段进行筹资。公立医院是保障国民身体健康的基础性产业，并且属于事业单位，基本上不会有信誉问题，因此银行对于医院的借款要求并不高。医院利用银行借款扩大规模改善了医疗条件，解决了发展过程中的资金困难，但巨额融资成本始终是医院沉重的负担。加之由于长期依赖财政补贴，缺乏对资金运作的了解，使得负债筹资风险加大。一旦负债融资失控，不能按期归还债务，医院将陷入资金紧张状态，并引发各种连锁反应，影响医院的可持续发展。截止目前我国非营利性医院整体负债规模呈上升趋势，资产负债率和负债总额逐年增长，负债结构基本构成中，流动负债的比例明显高于长期负债。盈利状况普遍堪忧和资金使用率不高的情况并存，财务风险不可忽视。
五、社会责任错位
由于相关政策、法律的调整和完善，医院承担社会责任的压力越来越大。在医疗纠纷赔偿方面，随着患者维权意识的普遍加强，在无重大过失的情况下医院做出赔偿的现象不断增多，赔偿金额逐年增多。某市级医院曾经一年的医疗纠纷赔偿金就达到近500万元，超规定金额2倍以上。这种行为不但不能减少纠纷，反而会释放出错误的信号，从而引起恶性循环，造成赔偿的金额逐年增加，为医院带来一定的财务风险。在承担社会救助责任方面，公立医院作为准公共物品，具有公益性特点，必须承担应有的社会责任。各级公立医院在突发重大公共卫生事件时承担主要的救助责任，付出很大人力物力财力，而得到的补偿相对较低，甚至得不到补偿。在医保结算方面，目前医保患者住院期间的费用结算，统筹部分由医院先行垫付，间接减少了医院的现金流，影响了医院资金的周转。同时社保中心给予医院的医保统筹费用是有一定限额的，超限就由医院独自承担，而对于是否超限医院又很难控制，如果超限过多有可能会造成医院的财务风险。这些问题，在公立医院中或多或少普遍存在，尤其是市、县级公立医院表现比较突出。究其成因，既有客观的社会原因，又有医院自身管理的原因。当前，应抓住公立医院改革契机，从外部管理体制到内部运行机制进行全面改革，努力使公立医院的体制机制更加适合医院发展的需要，进而有效防范财务风险的发生。从医院内部运行来看，笔者认为完善财务运行制度顶层设计，引入先进信息化管理系统，建立财务风险预警体系，设立财务风险监测分析岗位，配备专职人员对经营相关信息指标进行分析非常重要，如果哪家医院能够率先拥有一套数学模型支持下的财务风险预警指标体系，就相当于在市场竞争中占有了先机。
