内部控制指的是单位在保障各项经济业务活动有效进行的基础上，确保单位的资产完整安全，避免欺诈和舞弊现象的发生，为实现单位的经营管理目标而制定和实施的一套具有控制、调整、约束、评价功能的措施、方法及程序。借鉴此定义，高等学校的内部控制可以被定义为:在高等学校内部形成的一种为了实现其经营目标，确保高校财产的完整安全，保证会计信息等资料的正确可靠，保证经营活动的经济性、有效性和结果性而实施的一系列控制、调整、约束、评价等措施、方法及程序，并予以系统化、规范化，使其成为一个严密的、完整的框架体系。
根据我国COSO 委员会于1992 年公布的《内部控制整体框架》，内部控制的基本构成要素可以具体分为以下几个方面: 1、控制的环境。内部控制的环境一般包括人力资源政策、制度和治理结构、机构设置、内部审计、权责分配机制和企业文化等。2、风险评估。即使识别系统中经营活动中与内部控制目标不一致的风险，科学合理的制定内部控制风险防范和评估策略。3、控制活动。根据风险评估后的结果，采取相对应的措施、方法，将经营活动产生的风险降低到最小且企业可以承受的范围之内。4、信息和沟通。及时准确的收集传递跟单位内部控制相关的信息并且予以传递，确保各单位、各部门之间进行有效的沟通。5、内部监督。要求内部控制与实施情况之间建立科学合理的监督检查体制，它对评价内部控制的实施情况，评估内部控制的实施效果，为及时发现内部控制漏洞，改进和完善内部控制发挥着举足轻重的作用。
高校的教育开展亟需内部控制制度的约束，只有这样才可以使有限的资源最大程度的得以利用，避免浪费。首先，许多的高校扩大了招生规模，新建不少的学生宿舍，可是班级仍然在固定的教室学习上课，不采取多个专业、班级共同使用的方法，导致没有合理有效的使用资源现象产生。其次，有的学校兴建富丽堂皇的图书馆，但是空间数量不够，藏书量不足，阅读的限制条件过多，资源的利用率低。最后，校园的有些公共设施不能是实现共享，也成为了一种隐性的浪费。
高校内部一般都实现了电算化，不管是财务还是人事，乃至学生管理大部分使用的都是各部门内部专业的软件进行管理。目前存在的一个问题就是，各部门间信息的实时共享不能实现，形成各自孤立的信息范围。而且在大学，可能也无法及时向外部使用者进行相关信息的公开披露。高等教育具有公共产品的特性，为人民提供教育服务是政府的责任，所以高教信息必须公正、公开，尽管我国高校获取外部信息的途径在最近几年获得了很大的发展，学校所发布的信息在管理活动中发挥了很大的作用，但是从高教强国的战略出发，当前的财务信息披露不够充分、完整和严谨。缺少一个系统科学的披露模式。
近几年来，高校的经济腐败案件呈明显上升的趋势，高校的经济活动范围不断进行扩张，在资金的对外投入、招收新生、项目投建等诸度方面存在很多的问题。比如个别单位的资金在对外投资中只追求资金的收益缺忽视了风险，造成资金难以收回，亏损的现象; 有的学校在招收新生时，变相收费，利用工作之便收取钱财造成经济犯罪; 有的学校在物资采购中，由于市场的开放，不正当的竞争利用各种手段走向犯罪道路。2010 年在北京大学高校职务犯罪论坛中，公布的数据显示过去的10 年间教育系统犯罪案件20000 多起，涉案金额数十亿元。
高校的内部控制应该是一个动态的系统的工程。目前，我国绝大部分高校还没有建立，健全内部控制制度系统。不仅仅是对会计信息、会计系统的控制，也应该对整个高校管理体制和管理系统的控制。加强内部控制应该，一方面提高管理层的整体素质。管理层的素质和对内部控制的执行观念深刻地影响着单位内部控制执行的质量与效果，仅仅依靠控制部门的职能管辖，那么无论如何也不会使内部控制发挥其应有的作用。选拔高素质的人才定期对高校内控人员进行业务技能、世界观、价值观等的培训。另一方面，高校应该建立以校长为首的经济责任制，提高总会计师在高校财务活动的地位，加强内部控制的组织、领导、协调和执行，确保高校内部控制的在复杂的经济环境中能够有效运作。
高校的财务管理制度是一项基础的工作，必须依据具体情况的变化，及时补充、修订、完善各种管理体制。高校的财务制度一般可以有授权审批、会计记录等环节。高校应该建立规范的授权审批制度，明确高校内部一般授权同特别授权的责权范围，以及每笔经济业务活动的审批程序。建立规范的系统的财务收支控制制度，包括财务收支范围，审批人员权限，审批程序，审批责任等。建立会计岗位责任制度。我国高校，基本建立了校长、总会计师等的经济责任制度。但尚未建立基层的经济责任体制，这点直接弱化了高校内部控制的完整有效性，严重制约高校经济活动的发展，因此，完善内部控制制度建设势在必行。
在社会主义市场经济体制下，高等学校的财务管理同样面临着巨大的挑战和风险。高校应该建立科学全面的评估和防范体系，管理层应该树立良好的风险意识，有效针对各个风险点实施可靠的控制，通过对风险预警、风险识别、风险评估、风险报告，对高校风险进行有效的控制。高校在构建防范体系时，应广泛采集高校日常的运作数据，采用比例法，模型法等方法予以预防并及时向管理层预警。目前我国高校面临的风险绝大部分是由贷款引起的，各高校应高度重视贷款的收益和风险比，加强对贷款的科学计算，财务管理及分析。贷款之前要对贷款的使用经过多方的考察，测定贷款的风险，确定高校对于贷款的偿还能力，避免造成严重的财务负担，同时提升贷款资金的使用效率，最大的程度收益于高校; 贷款后，在贷款的偿还计划中，落实各项安全保障措施，比如还款资金来源等。如果确实陷入财务危机之中，内部控制部分应及时采取有效的措施，正确化解风险给企业带来的不利影响，力争使学校的经营、财务今早回复正常的运作。
高等学校应该加强内部审计控制制度的建设，特别是要加强内部制度执行的力度，用以保证高校内部控制的高效运行。目前，高校内部审计制度中存在很多的不足，高校既可以创新内审制度，也可以完善内审制度的建设。一方面，应该提高高校对内部审计的重视程度，加强内部审计的独立性。高校管理层对内部审计工作的认识程度需要得到提升。只有内部审计人员由单位负责人直接领导，才能提升内部审计人员的地位，增强审计的力量，优化审计人员结构。另一方面，应逐步拓宽审计的内容和范围，转化为管理审计模式。在财务审计的基础上不断渗透审计范围和深度，让内部审计参与到高校的发展经营活动之中，分析高校遇到的问题，为学校领导提供合理的、科学的审核依据，发挥内部审计的职能，进而提升高校内部控制管理水平。
