一、我国政府机关现行内部审计机制所存在的主要问题
1、除交通、教育等部门外，大多政府机关都未建立起独立、客观的内部审计机构，配置专门的审计人员。而内部审计工作随组织流程的推进而不断跟进，程序严密、技术复杂，从拟定审计计划、内部控制评估、审计报告及后续追踪，没有专职机构和专有人力，是难以顺利而有效地完成的。
2、相关内部审计职能由人事、纪检监察、党办、效能办、会计、法制等部门来共同履行。由于审计工作既非各部门的最重要工作，限于人力和专业素养，各部门难以全心全意地投入，且这些部门处于平行的同级位阶，职；权行使难免受限，尤其是面对上；吸正副职领导时，更难发挥监督 和评价功能。这就使审计工作形式重于实质。
3、内部审计工作分散由各部门独立运作，事权不一，结果是各部门在不同的时间，进行不同侧面的审计，不仅所需文件繁多，而且极可能重复提供，使被审计单位不胜其扰；各部门之间因缺乏协调互动机制，缺乏必要的信息沟通，使得审计力量分散，审计资源不能共享。如此审计工作非但不能发挥整体监督和评价之效，而且会严重影响行政效率和效果。
4、内部审计是一项专业性很强的工作，按照国际内部审计师协会的要求，内部审计旨在检查和评价内部控制、组织治理和风险管理，所以，内部审计人员须具有必备的专业知识、技能和实 际经验。但我国现行政府机关办理内部审计业务的部门像会计，人事、纪检监察、党办、效能办、法制等部门工作人员所具有的专业素养，恐怕很难适应现代审计工作的要求。这样，各部门分头提供的缺乏足够专业水准的审计报告就很难引起上级正副职领导的重视，使审计报告流于形式。同时，审计报告先是分送给本部门的分管领导，现实中这些分管领导之间又缺乏信息沟通渠道，从而无法共享审计成果，影响审计效果。
二、顺应政府组织再造的潮流，引进内部审计新‘理念、新技术，并使之法定化、规范化，以强化政府机关的竞争能力
1、设置独立、客观的内部审计机构，整合各政府机关现行内部平行控制机制。美、 日等发达国家，在政府内部审计制度建设上，都有许多可以借鉴的经验。像日本，其政府内部审计制度包括：中央行政机关的内部审计；政府出资法人的内部审计、监事审计；地方公共团体的审计委员。美国早在1 9 50年的《会计和审计法》，就赋予了联邦政府主要部门负责人在内部审计和内部控制方面的责任。但在1950～1975年长达四分之一世纪的时间里，该法案未能产生理想的成效，许多政府部门未设立独立的内部审计机构，审计报告和审计建议也未受到应有的重视。鉴于此，美国在1 978年颁布了《联邦督察长法》（The lnspectors General Act，简称IG Act），决定在联邦政府重要部门设立督察长，成立督察长办公室，独立地开展内部审计工作。我们可以借鉴美国 政府督察长的做法，在政府重要部门，如预算规模或人力资源达到某个水准时，或中央一级机关及重要的二级机关，单独设立内部审计机构。
