我国当前实行的国土资源垂直管理体制，是省级以下国土资源管理部门的领导干部人事任免权和用地审批权由原来的地方党委主管，转变为上级国土资源管理部门主管。实行省以下国土资源垂直管理体制的主要目的是为了加强国家对土地资源的宏观调控，合理配置土地资源。通过把国土资源管理部门和地方政府隔离开来，加强国土资源管理部门的独立性，试图防控土地资源的流失，确保耕地保护制度的落实，实现土地资源有效、合理的配置，保障我国的粮食安全和社会经济可持续发展。
1 省以下国土资源垂直管理体制的优越性与弊端
省以下国土资源垂直管理体制具有一定的优越性，一是有利于加强国家对土地资源的宏观调控，完善土地资源宏观配置；二是有利于遏制地方政府盲目利用土地资源和矿产资源干预市场的行为，从而保障市场经济持续健康发展；三是有利于建立国土资源管理部门的独立性和权威性，明确国土资源管理部门与地方政府的关系及各自的职责权限，确保国土资源管理部门更有效的开展工作。但这种体制也存在着一定的弊端。
（1）在府级关系上，这种体制包含两层督办性半垂直管理，中央政府对地方政府国土资源管理机构的垂直管理与省级政府对其下级政府国土资源管理机构的管理。第一层垂直管理主要依据相关法律法规体系和国家土地督察来制约和监督省以下地方政府的土地利用行为，由于土地管理法律法规体系不健全，对土地违法行为约束力不强，致使土地垂直管理作用较弱；第二层国土资源垂直管理虽然能够提高省级政府的積极性、土地管理能力、促进综合配置省一级的土地资源能力，但忽视了省级政府也是地方利益的代表，会在土地审批中重视保护地方经济，甚至出面为地方政府的违规操作进行解释或开脱，这必然使国土资源垂直管理效率较低、土地违法违规行为屡禁不止。
（2）在制度设计上，国土资源管理机构的业务工作、人事管理、机构编制和经费均留给相应的地方政府。该制度强化国家利益而弱化地方利益，使权力和利益在不同主体中将发生重新分配。在诸多因素的影响下，地方政府采取各种方式影响或抵制这种强制性制度变迁，使制度实际运行成本高于其运行收益，影响国土资源管理制度的有效供给，导致上级国土资源部门对下级国土资源部门监督权力的虚置、业务指导职能的弱化和国土政策执行过程的严重扭曲等问题，从而使国土资源管理部门与其它政府职能部门协调与配合困难，造成行政效率低下，甚至损害政府权威。
（3）在管理形式上，国土资源管理采用两层委托代理机制，即全体人民委托中央政府，中央政府托给了地方政府代为行使其管理职权。然而，由于市场机制与政府机制均存在一定程度的缺陷、官员考核制度与分级管理制度不完善，在土地资产价值逐渐显化并快速上涨、利益驱动及土地外部性较强的作用下，该管理形式无疑为地方政府提供了巨额的资金来源，也为地方政府官员利用现行土地法律的漏洞及其监管松散而进行寻租提供了方便。可见，在缺乏有效监督的情况下，这种委托代理制的土地资源管理目标将难以真正实现，造成耕地与粮食安全难以保障。
（4）在管理实践中，一方面，在国土资源管理法律法规体系不完善的状况下，中央政府往往采取扩大自己职能的方式介入地方政府国土资源管理具体事务，干预地方政府的执行权，这不仅分散了中央政府进行宏观管理的精力，也影响了中央政府权威；另一方面，现行的行政考核制度，忽视了官员权责分配的对等性问题，忽视了政绩业绩考核可比性问题，造成某些地方政府为了自身利益或业绩，不顾其应对上级政府、全体人民负责的职责，专注寻找政策漏洞，形成目前上有政策、下有对策的不良风气。所以，在中央政府手中没有直接掌握土地资源、也没有与地方政府之间达成一种土地收益分配契约机制的背景下，势必将造成中央政府无法有效调控土地市场、无法形成有效的监督和约束机制，造成中央政府将土地全权委托给地方政府管理的过程，实际上是在为地方政府借地生财提供了充分的便利，使土地资源垂直管理的实际效果较差。
2 完善新疆基层国土资源管理体制的对策
2.1 理顺关系
（1）分享收益让利地方
解决中央与地方利益分配问题所引发的国土资源领域的利益博弈，重点是出让一部分利益，使基层地方政府获取与其行政权相适应的财政收入权。如出台相关政策严格征收土地增值税，提高耕地占用税和城镇土地使用税缴纳标准，适时开征不动产税或物业税，既可以对土地使用者的用地行为保持约束力，也为地方政府带来了稳定的税收收入。允许地方政府自主发债，筹集市政建设资金，从而形成地方基础设施建设资金融入和归还的良性循环。同时，旧的政绩考核体系也必须做出相应修改，降低干部晋升标准中经济增长率和城市基础建设的权重比例，引导地方领导干部更加遵纪守法及重视可持续发展思路。
（2）加大地方政府违法成本
基层地方政府热衷于违法用地，除了利益驱动以外，违法成本过低也是一个重要原因，解决上述问题首先还是要加强监督体系建设，加强纪检监察和土地督察两套监督体系的作用，加强监督体系顶层设计，完善相关制度，要对因政府决策导致的违规开工、土地闲置、滥用土地资源、投资损失等渎职行为的识别、调查、处理进行明确的制度规定并坚决予以执行。其次要加大对地方政府违法行为问责力度，不仅要约谈党政负责人，还要进行限期整改，整改不过关者进行政策性惩罚，采取如削减用地指标，冻结相关负责人人事晋升程序等措施。第三要加强宣传，形成对违法用地行为有力的舆论压力。
（3）加强宏观调控
新疆自治区政府的战略调整必然会导致基层地方政府思维模式的改变，而宏观政策的改变，也会对基层地方政府的行为产生巨大的影响。不直接干涉地方事务，而是通过宏观政策的调整，确定地方政府的利益边界，从而抑制其追求局部利益的冲动。
2.2 加强监督
（1）纪检监察机构全覆盖
要更好的发挥纪检监察执纪监督、查办案件职能，国土资源纪检监察部门要把管不了、管不好、不该管的工作交还主责部门，工作以初步核实和处理违反党纪和政纪的问题为主。积极探索强化纪检监察机构全覆盖、全派驻，逐渐将国土资源部门纪检监察机构的人、财、物管理独立于原单位，实行专项管理。
（2）强化执法监察体系
最大限度保障基层国土资源执法监察队伍的软硬件建设，人才流动，形成执法合力。最大限度加强执法监察机构与其他工作部门的横向联系，依据执法监察共同责任机制，加强与其他执法机构的日常沟通。建立重大违法案件上报制度。
2.3 探索新型人、财、物管理机制
（1）打破条框，建立良好的人才流动、晋升机制
要明确基层地方组织、人事部门应将国土资源系统干部职工列入地方人才交流、干部跨部门任用的总框架，切实打破人事壁垒。开展系统内外干部交流是加强国土资源系统队伍建设的关键，既要注重现实，又要放眼未来，提高交流的质量和水平，提升队伍的素质和能力。要重视干部交流的来源和落脚点，吸收人才时注重专业背景，输出干部时尽量考虑其个人意愿。
（2）建立专项保障经费
新疆各基层地方政府及其工作部门应向国土资源部门进行政策倾斜，保障办公经费，增加财政预算，增加办公用品采购量，改善办公条件，保证工作车辆正常运行，同时保障上级国土资源部门可以补充下级国土资源部门办公经费的权力，超出整体预算的资金来源可以从地方资源补偿费及土地出让金中划转。要切实保障耕地保护、地质矿山环境治理、土地整治等工作的专项资金专款专用。
