第二次世界大战结束后， 作为战后处理的重要一环， 同盟国在日本东京设立了远东国际军事法庭，根据国际法对发动侵略战争的日本战犯进行了审判。东京审判既是对世界反法西斯战争的历史总结，也是战后日本和远东国际关系新格局的起点。
从总体上来说，东京审判是公正的，体现了反法西斯同盟国和世界人民的共同意志，体现了国际法的正义原则，是和平对战争、文明对野蛮、正义对邪恶的一次大审判，具有划时代的政治意义和历史意义。但同时也应该指出，东京审判存在明显的缺失。远东国际军事法庭对日本战犯的判决，只能说是对日本军国主义侵略战争罪行的部分清算，很不彻底，很不完全。
第一，没有追究日本天皇的战争责任，是东京审判的最大败笔。
裕仁天皇对日本侵略战争以及日军暴行负有最高领导者的责任。 裕仁独立于政府和官僚政治，在一个彼此制约的复杂的体制中，行使了实权和权威。他参与制定国家政策，并向陆海军将领们发布大本营命令;他在策动日本对外侵略战争方面发挥了重要作用，并指挥了对中国的所有军事行动。但是，作为侵略战争的最高统帅，裕仁天皇却没有受到任何追究。
天皇是日本宪法体制和战争责任体制中的最高权力者，不追究天皇的战争责任，就不可能彻底追究日本国家的战争责任。这还给战后的日本政治带来了严重后果，造成日本政府和主流社会拒绝对侵略战争进行诚心的反省和悔改，政治上长期右倾化。
第二，没有把 反人道罪作为独立的起诉原因，是东京审判的严重不足。
反人道罪包括日本对朝鲜、中国台湾等殖民统治地，特别是在中国的占领区进行的残酷统治罪行，如在中国实施最野蛮的烧光、杀光、抢光的 三光政策， 制造数以千计的惨案和对无设防城市居民的大轰炸，以及强制劳工、强迫妇女做随军 慰安妇等等。但在检察官的起诉书中几乎没有涉及这些问题，更没有把日本殖民统治的暴行作为战争犯罪来进行追究。
第三， 没有起诉搞细菌战和化学战的日本战犯，是东京审判的严重缺失。
在远东国际军事法庭审判的日本战犯中，有5000 多名日本军人虽然公然违背国际公约在中国进行细菌战和化学战，理应受到严惩，却被美军占领当局保护起来，成为向美国提供细菌战研究情报的 有价值的合作者，而被免予起诉。作为交换条件，石井四郎等20 名 细菌战专家，向美国提交了长达60 页的人体实验报告、20 页19 年的作物毁灭研究报告和8000 张 细菌战实验人体及动物的解剖组织幻灯片;还有石井四郎从事 细菌战各阶段研究20 年经验的专题论文。这样，美国一方面获得了 具有巨大价值的细菌战资料，另一方面，又达到了 不想让苏联人从日本方面得到任何东西的目的。
由于美国的包庇， 虽然侵华日军实施细菌战、化学战早已真相大白，但日本政府至今不认错。第四，受美国冷战政策影响，虎头蛇尾是东京审判的明显缺陷。
二战结束后， 美国的对外政策明显地转向反苏、反共、反对中国革命，企图把日本变成亚洲的反共前哨阵地。1948 年3 月，美国国务院政策计划委员会主席乔治凯南与麦克阿瑟共同提出， 并得到美国国家安全委员会批准的对日本的 新方针：美国政府应保护日本不受共产主义的威胁，美国必须在日本留驻军队， 缔结对日和约应该是简单的、一般性的，而不是惩罚性的。
1948 年12 月24 日，即对7 名甲级日本战犯执行绞刑的第二天，麦克阿瑟总部即宣布，释放仍在巢鸭监狱中服刑的岸信介等19 名甲级战犯嫌疑人。之后几年内，许多重要战犯刑期未满都被陆续释放。
中国共产党领导的人民革命取得伟大胜利后，美国政府决定加速扶植日本，并以所谓 共产主义威胁为借口，急欲把苏联和中国排除在外，早日缔结美国日本单独媾和条约，以便把日本纳入美国的安全体系。朝鲜战争爆发后，美国急需利用日本的军事、经济和技术，为朝鲜战争服务，违反波茨坦会议关于对日讲和应该首先由美、苏、中、英四个受降签字国外长讨论一致的原则， 于1951 年9 月在旧金山与日本政府签订了《对日和约》、《日美安保条约》。《对日和约》是彻底变日本为美国军事基地和附属国的备战条约和奴役条约，是对中华人民共和国的安全以及其他许多亚洲国家的安全，构成了严重威胁的条约。
从1950 年10 月到1952 年8 月， 在美国政府的支持下， 吉田茂内阁先后为18 万左右的军国主义分子解除 整肃，使他们重返政坛，窃据要职。到1958 年4 月7 日，所有日本战犯未服满刑期的最后都得到了赦免。更有甚者，甲级战犯岸信介被释放当年即当选为国会议员，后又出任日本首相，组成 战犯内阁。其结果导致日本国内弥漫着 集体无罪意识：既然身居高位、掌握国家大权者无罪，日本就无罪;既然天皇、政府、各级官员没有战争责任， 所有罪责都在25 名战犯身上， 只要惩处了他们，日本的战争罪责就 洗净了。基于这样的认识，日本多数政要不愿意认真反省和悔改战争责任，日本右翼势力否认、歪曲、美化其侵略历史的言行大行其道。
更有甚者，由于冷战政策的需要，美国颠倒是非，黑白不分，毫无正义可言，竟在《对日和约》中不承认日本1941 年12 月7 日以前发动的战争是侵略战争， 结果使日本在战后没有认真进行战争赔偿，而且使日本国民没有像德国国民那样有一种负罪感，对日本法西斯仇恨不起来。这也使日本残余的军国主义思潮不断泛滥，残余的军国主义右翼团体组织得以发展。
总之，二战结束前后，美国对日本保留天皇制，成为战后日本重建右倾保守政治体制的政治基础和精神支柱; 美国对日本实行单独占领并包庇、赦免一大批犯有侵略战争罪行的日本战犯，且用冷战政策予以呵护，使日本战后一直没有认真反省和清理对外侵略历史，为日本军国主义思潮的复活提供了温床。这是自20 世纪80 年代以来日本少数右翼势力否认、歪曲和美化其侵略历史的谬论肆意泛滥，为军国主义战犯招魂的闹剧连年迭演，政治右倾化趋势日益严重的主要历史渊源。
