《国务院组织法》颁布实施已超过32 年，随着形势的发展，这一重要法律也暴露出诸多的问题，亟待通过修法加以解决。除了一些专家学者已提出有关国务院职责权限、国务院与全国人大及地方政府关系、领导体制等需要明确的问题外，实践中还发现一些问题：
第一、《国务院组织法》对国务院部门和机构的数量没有限制。2013年国务院机构改革后，国务院组成部门减少至25 个，直属机构正部级机构7 个，副部级机构7 个，机构数量仍然明显偏多。众多的部门设置在实践中引发了部门职能交叉、管理层次增多、财政负担沉重、行政效率低下等诸多问题。
第二、副秘书长职数不受限制。《国务院组织法》第7 条第2 款规定：国务院设副秘书长若干人，协助秘书长工作。 由于职数无限制，2013年国务院副秘书长职数高达10 名。一些地方政府也纷纷设置数量众多的副秘书长职位，个别地方的副秘书长职位数量甚至达到了20 个。
第三、部门负责人副职数量超编严重。《国务院组织法》第9 条第1款规定：各部设部长一人，副部长二至四人。各委员会设主任一人，副主任二至四人⋯⋯。其中关于各部门副部长、副主任的数量限制在实践中形同虚设，根据近期政府门户网站公布的22 个国务院组成部门副职的统计，有16 个部门超过了规定的最高限额，其中发改委、人社部、公安部、卫计委副职数量甚至超出一倍，这还未将各部委的纪检组长和党组成员包括在内。
第四、对各部委司局级内设机构的设立没有明确规定，导致机构数量普遍过多，有的司局级内设机构数量甚至超过30 个。
第五、对各部委司局级领导职数无限制，导致司局级领导职数占部门行政编制的比率过高，造成行政效率降低。
第六、对准副部级领导职务设立没有明确规定。《国务院组织法》并未设置部长助理职位，但不少部委越权设置部长助理的领导职务。
第七、直属机构的设置缺乏明确规定。《国务院组织法》第11 条规定：国务院可以根据工作需要和精简的原则，设立若干直属机构主管各项专门业务⋯⋯据此，国务院有权自行决定是否设立直属机构、设置什么直属机构及多少个直属机构，随意性较大，缺乏制约。
第八、缺乏监督机制。《国务院组织法》没有规定监督机构和法律责任，尽管1997 年《国务院行政机构设置和编制管理条例》设置了中编办作为部门组织法的监督机构，但是中编办仅仅是一个部级机构，在监督部门组织的许多事项时常常显得心有余而力不足，无法很好地履行监督职能。由于监督机制的不健全，《国务院组织法》在实践中被架空的现象时有发生。根据上述问题，建议从以下几方面修改：
第一、在《国务院组织法》中进一步明确国务院行政机构的设立和数量限制。建议《国务院组织法》规定国务院组成部门的数量不得超过20个，同时，国务院其他部门及直属机构的数量也应该有所限制。
第二、严格控制部门编制和领导职数。建议《国务院组织法》按照精简统一效能的原则，明确规定部门的人员编制数额和国务院及其部门的领导职数。对超编问题应建立监督、问责和改正机制。
第三、压缩部门管理层次。建议《国务院组织法》中削减各层次副职的数量，弱化副职的分管职能，强化副职的辅助职能，使副职不再成为单独的一个管理层次。建议各级副职数量减少为1 名，并转变副职职能，主要担任正职的副手或者在特殊情况下接受正职的委托代行正职的职责。
第四、优化部门人员结构。不同的职位需要具有不同的知识、经验和能力等素质的人员，只有人员素质与职位需要相匹配，该职位的效用才能得到最大程度的发挥。建议《国务院组织法》严格控制司局长等领导职数所占比例，明确规定高级、中级、初级公务员各自所占的比例，聘任制公务员与一般公务员的比例以及公职人员与工勤人员的比例。
第五、优化部门内设机构比例。理顺部委与其管理的国家局的关系，压缩内设机构数量。建议《国务院组织法》规定，根据需要合理设置部委内设业务机构，严格控制部委内设的规划、财务、法制、科技等综合管理机构的数量。同时，严格控制非常设机构的设置，大幅整合和精简部委下属事业单位。
第六、规范部门设置程序。建议《国务院组织法》明确规定部门设置的必经程序，包括专家论证程序、公众参与程序等，杜绝随意设置部门。
第七、明确监督机制。《国务院组织法》明确规定由全国人大常委会下设专门机构承担监督职能。在监督方式方面，包括惩戒和绩效评估。在法律责任方面，包括通报批评;建议改正或者责令限期纠正;撤销违法设置的机构;撤销超编的任命决定;建议给予行政处分;建议削减该部门的预算等。
第八、合理界定国务院部门职能边界。建议在《国务院组织法》明确规定凡是公民、法人和其他组织能够自主解决的，市场竞争机制能够调节的，行业组织或者中介机构通过自律能够解决的事项，不得列入国务院部门职能。同时，规定解决部门之间职能争议的主体、程序和时限，并授权国务院最终解决部门职能争议。
