惠能归岭南后，于唐高宗仪凤元年（676年）正月初八到广州法性寺。印宗法师在该寺内讲《涅盘经》之际，“时有风吹幡动，一僧曰：风动；一僧曰：幡动；争论不休，惠能进曰：不是风动，亦非幡动，仁者心动”。印宗闻之竦然若惊。知惠能得黄梅弘忍真传，遂拜为师，并为之剃度。
次年，惠能到曹溪宝林寺（今广东韶关南华寺），弘扬禅宗，主张“顿悟”，影响华南诸宗派，人称“南宗”，在此传法长达37年之久。当时，六祖惠能的同门师兄神秀，主张“渐悟”，在华北势力颇盛，号称“北宗”。神龙元年（705年），武则天和唐中宗即遣内侍薛简往曹溪召其入京。惠能以久处山林，年迈风疾，辞却不去。薛简恳请说法，将记录带回报命。中宗因赠摩纳袈裟一领及绢五百匹以为供养。并命改称宝林寺为中兴寺，由韶州刺史重修，又给予法泉寺额，并以惠能新州故宅为国恩寺。
惠能的禅法以定慧为本。他又认为觉性本有，烦恼本无。直接契证觉性，便是顿悟。他说自心既不攀缘善恶，也不可沉空守寂，即须广学多闻，识自本心，达诸佛理。因此，他并不以静坐敛心才算是禅，就是一切时中行住坐卧动作中，也可体会禅的境界。惠能又曰“先立无念为宗”，“佛法在世间，不离世间觉。”所谓无念，即虽有见闻觉知，而心常空寂之意。“自心归依自性，是皈依真佛。自皈依者，除却自性中不善心、嫉妒心、谄曲心、吾我心、诳妄心、轻人心、慢他心、邪见心、贡高心及一切时中不善之行，常自见己过，不说他人好恶，是自皈依。常须下心，普行恭敬，即是见性通达，更无滞碍，是自皈依。”
禅宗从达摩始百余年间皆以《楞伽经》相印证，故亦称为楞伽宗。达摩的三传弟子道信开始兼以《金刚》等经为典据，到了惠能即以文句简单的《金刚经》义代替了《楞伽经》，其目的在于摆脱名相烦琐的思想束缚，而单刀直入求得开悟。
惠能主张教外别传、不立文字，提倡心性本净、佛性本有、直指人心、见性成佛，这是世界佛教史尤其是中国佛教史上的一次重大改革。惠能以后，禅宗广为流传，于唐末五代达于极盛。禅宗对中国文化的发展具有重大影响。禅宗特点在于其高度的理性化，几乎完全没有神学气息。禅宗修持以定慧一体为特色。近代学者胡适在《荷泽大师神会传》中曾有考证印度禅的这二十八祖的法脉是后人杜撰的。敦煌本《六祖坛经》没有印度禅宗二十八祖法脉的记载。在梵文中也没有印度禅宗二十八祖法脉的记载。近年来，中国大多数学者都认为《六祖坛经》的基本内容代表了惠能的思想，同时其中可能也有后人增益的成分。
唐玄宗开元二年（730年），在洛阳的明定南北总是非大会上，惠能弟子神会辩倒北宗，使得曹溪禅宗树立了全国性的影响。
