一、导论
西子湖畔西南，钱塘江的北岸，是五云山的云栖坞。这里山深竹茂，云缭雾绕，幽深迷离，景色宜人。周围有回耀峰、宝刀陇、青龙泉、圣义泉、金液泉、壁观峰等“云栖六景”，其自然景色宁静幽然，绿碧如洗。乾隆皇帝为云栖咏出这样的诗句：“蝶舞花香自诠注，瀑飞石矗孰流停。修篁深处忘机坐，适可依然悦性灵厂。
在这竹林满坡，修篁绕径的云栖坞中曾经有一座千年的古刹——古杭云栖寺。早在北宋乾德五年（公元967），吴越钱忠懿王时大将凌超为伏虎志逢禅师在此建寺。明孝宗弘治七年
（公元1494），“霖雨发洪，殿宇、经像，随水漂没”，寺院毁圮，梵刹不存。明隆庆五年（公元1571），莲池大师重兴云栖古刹。清朝康熙、乾隆曾多次来云栖寺游历，多有御赐、御笔相赠。民国后，寺宇年久失修，大多倒坍，渐被冷落。1962年寺址改建为杭州市工人疗养院。
明莲池大师（1535—1615），讳袜宏，字佛慧，别号莲池，于云栖寺驻锡法化达四十余年（公元1571一1615）。并弘净、禅、律、教，偏赞净土。经由莲池大师大力整饬，云栖梵刹重辉，丛林复振。云栖寺融宗演教，严净毗尼，专勤念佛，常住僧众达数千余人。莲池大师于三毒炽焰、欲海横流的五浊恶世，在云栖寺开净土门，张法界网，驾大法船，普度群生。道风广播，海内贤豪，无论朝野，靡不归心感化。与紫柏真可、憨山德清、藕益智旭并称为明代四大高僧。
万历四十三年（公元1615）七月初二日午时，莲池大师自知时至，面西念佛，端然而逝。世寿八十有一，僧腊五十。立全身塔于古杭云栖寺左岭下。大师厚德流光，独步千古，被尊为净土宗第八代祖师，古杭云栖寺遂成净土宗之八祖道场。
二、大师来古杭云栖寺之前
莲池大师俗姓沉，浙江仁和（今杭州市）人，出生于名门望族之家。父德鉴，号明斋先生。母周氏。大师白小才智聪慧，性情与众不同，对世间名利十分恬淡。十七岁考中秀才，进入县学。人师虽然才华横溢，在诸生之中名列前茅，却并不热衷科举，而是将精力致于学问、道德的培养。
大师于净十法门的信仰肇起于俗时邻家一位念佛的老妪，“幼时尚不知念佛，见邻家一老妪，每日课佛数千。问云：为何如此？彼云：先夫往时念佛，去得甚好，故我如此念。先夫去时，并无他病，只与人一请而别。”听到这对老夫妇的故事，深具宿世善根的莲池大师被深深打动，于佛法之不可思议升起了坚定的信心，尝书“生死事大”四字于案头，立下必出三界的志向，寄心于净土法门。家中不再杀生，即便祭祀也全都使用素食。
大师时常感慨的说：“人命过隙耳，浮生几何！吾三十不售，定超然长往矣，何终身事龌龊哉！”意为：人生如白驹过隙般短暂。如果我三十岁尚未成就功名，就专求净域为业。何必终身在肮脏的五浊恶世中过活？
佛缘既足，亦须因缘。大师的出家固然是佛法的开化与宿世的善根，而大师于人生中所遭遇的不幸也促熟了大师的出家因缘。大师二十六岁时儿子早夭，不久妻子张氏也病逝。大师奉母命续弦汤氏。二十七岁，父丧。三十一，母亡。短短数年间，父母妻儿相继辞世，令大师倍感人生的无常，为脱离三界求生净域，为报父母亲恩，大师决意出家修行。
明嘉靖四十四年除夕，汤氏为大师奉茶，捧至书案边时，玉茶盏突然无端破裂。大师笑曰：“因缘无不散之理。”汤氏十四岁即为母持斋，宿植善根，好乐佛理。十六岁与大师联姻后未成夫妻之实，反为道友法侣。第二年（公元1566年），大师与汤氏诀别曰：“恩爱不常，生死莫代。吾往矣，汝自为计。”汤氏超乎常情，洒脱答曰：“君先往，吾徐行耳。”师乃作“七笔勾”词，从子贵亲荣、夫妻恩爱、儿孙满堂、富贵功名、家舍田园、文章墨采、风月情怀等七个方面，揭示人生的无常，抒发了大师毅然决然的出尘之情。
明朝嘉靖四十五年（公元1566）大师三十二岁，投西山无门寺，从性天理和尚剃度出家。三年后，汤氏出家为尼，后为武林孝义庵庵主。
大师出家后未久，即于杭州昭庆寺无尘玉律师处得受三坛具足戒。从此开始托钵络囊，游历诸方，参访善知识。曾在北游五台山的时候，感得文殊菩萨放光现瑞。
于参学之中，大师的净土思想日趋成熟。有一年的中元节，大师在伏牛（今河南伏牛山），随众修行磨练，寺院方丈以念佛三日代替中元节盂兰盆斋的设供。又一次，寺院的主持被官司牵绊，首座集众以高声念佛为救护之法。这两件事情，与寺院寻常的做法大相径庭，引起了大师的注意。
大师后来说：我们都认为自己现在是以念佛法门为专修的，其实不然。 “祷寿命，则《药师经》；解罪愆，则《梁皇忏》；济厄难，则《消灾咒》；求智慧，则《观音文》。”反而将我们素来所专修的念佛法门束之高阁，认为是无用的东西，于事无补。从未想过若求寿，阿弥陀佛寿命无量：若为灭罪，念佛一声消八十亿劫生死重罪：若为求智慧，阿弥陀佛言：“我以智慧光，广照无央界。”何况凡夫所求的微薄福报、智慧呢？念佛法门本如“阿伽陀药，万病总持”，但若象这样三心二意，不肯信服念佛法门的“神圣工巧”，即便阿弥陀佛悲愿切切，我等又怎能得佛加被？
明隆庆元年（公元1567）大师与同行二十余人共入京师，至北京龙华寺，参辩融贞和尚。辩融禅师开示说：“无贪利，无求名，无攀缘，贵要之门，惟一心办道，老实持戒念佛。广大师与众人受教而出。同行中几个年少的同参大笑，以为这几句话稀松平常，不见工夫。大师却认为辩融禅师的可敬之处正在于此。如果要谈玄说妙，象辩融禅师这种名动天下的大德，怎会缺少谈资？辩融禅师如此老老实实将自己身体力行的经验和盘托出，一味平实，不标新立异，这正是禅师的可敬之处。莲池大师深受感动，将禅师的话铭记于心。
在京师，大师又参笑岩德宝禅师于柳巷。“岩曰： ‘汝何处人？’师曰： ‘浙江人’。岩曰：
‘却为何事？’师曰： ‘特到这里，来求和尚开示。’岩曰： ‘阿你在三千里外远远来，开示我教。我将甚么来开示你？’”笑岩禅师所布疑情，令莲池大师恍然有悟，即礼拜告辞。
从京城返回的途中，一日经过东昌府（今山东聊城），大师闻樵楼的鼓声，顿时大悟。作偈曰：“二十年前事可疑，三千里外遇何奇？焚香掷戟浑如梦，魔佛空争是与非。”史传向来将此偈作为大师开悟的明证。道高一尺魔高一丈，修行愈高，魔扰愈盛。大师归至金陵瓦官寺时，身染重病，几乎不治。寺里的僧人以为他已经病故，要将他茶毗。师微曰：“吾一息尚存耳。”乃止。病稍愈，大师至湖州南浔，住在豆腐桥的废祠堂中隐居苦行三年，当地人都不知道他是谁。大师还曾五次在越中参加禅期，披精进甲，抱智慧剑，到了禅期结束的时候，尚不知临单法师的名字，大师凝心于道的专注程度由此可见一斑。
三、大师中兴古杭云栖寺因缘
杭州群山环绕，其中最高者，是西湖西南，钱塘以北的五云山。传说古时有五色的瑞云经常盘旋在山顶，汇集于西坞，经久不散，故得此名。登上五云山，南北二高峰尽在足下。山势西南而行，与东北向的钱塘江会和，山水相应，实是一处灵淑钟贤的宝地。
北宋乾德五年（公元967），吴越王时大将凌超为伏虎大扇志逢禅师在此建寺。志逢禅师的寺院最初只是建筑在五云山的山顶。到了北宋天禧三年（公元1020），宋真宗赵恒“赐额‘真际院，，兼辟云栖、天池二院，为三刹。”其中云栖院最为幽静，距梵村十里之径。附近有青龙、圣义、金液名泉三眼，寺后东冈即是壁观峰。
明孝宗弘治七年（公元1494），“霖雨发洪，殿宇、经像，随水漂没”，寺院毁圮，梵刹不存。至莲池大师北来，古杭云栖寺业已荒废近百年。
明隆庆五年（公元1571），莲池大师三十七岁，乞食经过梵村，见到云栖山水幽寂，溪山窈窕，草树蒙密，实为修行的佳所，天然的阿兰若处。遂于此建草屋三楹，意欲终老于此。大师一人于此精进修行，吊影寒岩，曾绝粮七日，倚壁危坐而已。
云栖自古多虎。吴越时志逢禅师为云栖寺主，他每日携带大扇去市集乞钱，然后买肉饲喂老虎，老虎渐渐驯伏。每到志逢禅师日暮回山的时候，老虎即来迎接，用虎背驮着志逢禅师归寺，人称伏虎禅师。
莲池大师来到云栖的时候，这里老虎依然众多，环山四十里内，每年伤人不下数十，当地居民为虎患所迫。大师悲心萌发，为之诵经，并为老虎施食，渐渐的老虎不再伤人，村人都很感激大师。还有一次，天气亢旱久不下雨，村民看到大师一来就消除了虎患，对大师十分虔信，再次乞求大师祷雨。莲池大师笑着推辞：“吾但知念佛，无他术也。”村民不信，再三祈请。大师不得已来到梵村，绕着田埂敲着木鱼念佛。结果大雨随着大师的身后足迹而至，顿时解决了村民久旱无雨的困境。
村民由驯虎与祷雨两件事情中，认识到莲池大师是一个有道行的僧人，都希望大师能长久驻锡在云栖，护佑民众。村民纷纷从家中运来砖瓦木料，出钱的出钱，出力的出力， 自告奋勇的为大师建造兰若。在掘地的时候，挖出了古杭云栖寺的柱基，村民们说：“此云栖寺故物也。师福吾村，吾愿鼎新之，以永吾福。”
不日兰若成。然外无崇门，中无大殿，惟禅堂安僧，法堂奉经像，余取蔽风雨耳。自此法道大振，海内袖子归心。凡丛林所应添置的房舍、物品， 日增月益。莲池大师又定僧约十条领众，昼夜六时念佛之声不绝于山谷。莲池大师在此开始了长达四十四年的弘法利生历程。古杭云栖寺在莲池大师的整饬-卜，梵刹重辉，遂成丛林。
四、大师在古杭云栖寺的宗教活动
莲池大师的佛学思想主要体现在净、禅、教、律的合一，强调以净土作为最终的归宿。永明延寿大师虽然也提倡“有禅有净土”的思想，但其思想的根本在于禅净的“兼修”。莲池大师从华严宗的教判角度，将禅、华严、净土进行了新的整合，将禅净从圆教实相的角度进行了合流，完成了真正意义上的融合，这是莲池大师对净土思想的独特开创。
1、“信愿持名”与“念佛含摄一切功德”
莲池大师一生崇尚三根普被，利钝全收的净土法门，源于大师数十年来对净土法门潜心修行，琢磨玩味而得出的真知灼见和切身体受。
信愿行，为净土法门修行三资粮。莲池大师与净土宗历代祖师一样，对于信愿行尤其重视，“闻说佛名，心不疑贰，是之谓信。信已而执，心起乐欲，是之谓愿。愿已而持，心勤精进，是之谓行。广 并认为修行净土者，于信、愿、行缺一不可。
净土经典众多，除净土三经之外，有关于弥陀净土的经典约有两百多种。在这些净土经典中，莲池大师最重《佛说阿弥陀经》，并特为造《阿弥陀经疏钞》四卷。大师认为此经作为净土核心经典，具有其它经典所无法取代的十个特点：1、大悲悯念末法，为作津梁故；2、特于无量法门，出胜方便故：3、激扬生死凡夫，令起欣厌故：4、化导二乘执空，不修净土故；5、勉进初心菩萨，亲近如来故；6、尽摄利钝诸根，悉皆度脱故；7、护持多障行人，不遭堕落故；8、的指即有念心，得入无念故：9、巧示因于往生，实悟无生故；10、复明径路修行，径中之径故。由此可知《佛说阿弥陀经》实为释迦牟尼佛、阿弥陀佛、十方诸佛大悲本怀的流露，特为末法五浊恶世的众生，预留了出离生死的唯一津梁。
念佛有持名念佛、观像念佛、观像念佛、实相念佛四种的不同，大师认为“虽有四种之殊，究竟归乎实相而”，故而大师虽然极力推崇《佛说阿弥陀佛经》中持名念佛的方法，其内涵在于由持名念佛巧入无生，直达实相，才是持名念佛的高妙之处：“今此经者，崇简去繁，举约该博，更无他说。单指持名，但得一心，便生彼国，可谓愈简愈约，愈妙愈玄，径中径矣。”
大师以摄心为修行的要道，以念佛为摄心的捷径。于念佛中，开念佛门、止观门、参禅门为念佛法门的方便门，指出：“念佛一门止观双备3”相较于其它三种念佛，持名念佛则更为胜异方便：“观法理微，众生心杂。杂心修观，观想难成。大圣悲怜，直劝专持名号。艮由称名易故，相续即生。此阐扬持名念佛之功，最为往生净土之要。若其持名深达实相，则与妙观同功。”
大师又以“一即一切”的华严圆融理念诠释念佛法门，认为念佛法门含摄戒定慧、六度万行等一切功德：“大藏经所诠者，不过戒定慧而已……戒定慧即是念佛法门，何也？戒乃防非为义，若能一心念佛，诸恶不入，即戒也；定乃除散为义，若能一心念佛，心不攀缘，即定也；慧乃明照之义，若观佛声，字字分明，亦观能念所念，皆不可得，即慧也。如是念佛即戒定慧也”。念佛虽然含摄戒定慧等一切功德，但不可将莲池大师的思想理解为只要念佛即可，不必再参究戒定慧三学。
念佛含摄一切功德的思想，还被人师运用在融合各宗同归净土的行动当中：“若人持律，律是佛制，正好念佛；若人看经，经是佛说，正好念佛；若人参禅，禅是佛心，正好念佛；若人悟道，道须佛证，正好念佛。”
以上种种可见，莲池大师所言的持名念佛，事虽简而至妙，理虽近而至远。于玄妙、圆顿、了义之中，却能够适应一切众生的根性，做到简单、方便、直捷。净土法门确实无愧于三根普被、利钝全收的赞誉，岂是不谙其中精妙门径的浅薄之徒所蠡测之论？
2、“一心不乱”与“禅净一心”
莲池大师在行门上主张“禅净一心”，这种禅净合一的思想，与前代祖师的“禅净双修”及永明延寿的“禅净兼修”思想有很大的不同。莲池大师与禅宗渊源甚深，早年在京城亲近过笑岩德宝禅师，南归路过东昌府（今山东聊城）时因闻樵楼鼓声而大悟，后又在湖州南浔潜修三年，五次参加越中的禅期，可以说大师对参究和念佛二者都十分得力。入主云栖寺之后，莲池大师在其《阿弥陀经疏钞》和《神关策进》中，详细的介绍了他独特的“禅净一心”思想。
念佛之要，首在摄心。在诠秆《佛说阿弥陀经》中的“一心不乱”时，大师认为一心即指专注正境，即是专注在执持佛号之上：不乱即是指不生妄念，念念念佛，如此“一则不乱，乱则不一；有其一心，无其乱心……如言纯一不杂，精一无二之类，是也。”
一心不乱又分为事一心和理一心，“如来一语，事理双备，故同名一心。有事有理。如大本云：一心系念，正所谓一心不乱也。而事理各别。”在这里需要注意的是，事一心与理一心只是“一心不乱”的两个不同角度，虽然在分析佛法义理的时候往往会单独论及事一心或理一心，但此二者实在是不可分隔的一个整体，如形影之相随。
事一心是指在执持名号的时候，常忆常念，口中念佛名号，耳中闻佛名号，心中忆念佛的名号，字字分明，前句后句相续不断，行住坐卧唯此一念，做到“念念相续，无有二念”。这样就可以将烦恼压伏不起现行，不为贪嗔烦恼诸念所杂乱，成就信力。事一心是在事行上念佛的标准。由于不能象理一心那样以般若正见破除烦恼的种子，所以还没有见道，属于定学所摄的范畴。
理一心是指闻佛名号之后，不仅仅单纯的忆念，更能于此念进行反观，体察这一念的根源，体察能念所念。体究之极，明白到这一念的源头即是清静自性，“心佛众生，三无差别”的如来本心。“能念所念，更非二物，唯一心故”，了知能念所念二者“非有、非无、非亦有亦无、非非有非无。离于四句，唯一心故”。能念心外，无有佛为我所念；所念佛外，无有心能念于佛，二者了不可得。如果说能念所念是空无的，但其能念的心灵灵不昧，所念之佛历历分明。能念所念俱泯，能念所念俱存。莲池大师所言的理一心，究其实质是指“言思路绝，无可名状”的诸法实相。
理一心，即在持佛名号的一心不乱之中，对诸法实相的般若观照，能够尽破见思无明“斯则能所情消，有无见尽。清净本然之体。更有何法而杂eL?”观力成就，能够见道，所以叫做理一心。
莲池大师认为，以诸法实相为其本质的理一心，与佛法中各法门最终趋向的般若实相殊途同归，无二无别：“又理一心。正《文殊》一行三昧，及《华严》一行念佛、一时念佛，又如《起信》明真如法身，及诸经中说。”以理一心的角度，可以统摄一切法门：“又虽云一心，实则《观经》三心，《起信》三心。论三心，乃至《华严》十心，《宝积》十心，无不具故。又《净名》八法，亦一心故。德云二十一念佛门。亦不出此理一心故”所以，作为实相的理一心，即是“菩萨念佛三昧”，即是“定中之定”，即是无不一心的“心王心所”，即是“达磨直指禅”。《观经》所说的“念佛一声，灭八十亿劫生死重罪，实指此理一心而言。”
在理一心即是实相正令的高度上，莲池大师的“禅净一心”思想得到了理论的支持。大师认为，寻常修习禅法的人讳言净十，是因为其不明白此中的道理。达摩直指与理一心实则无二无别。“达摩说禅，直指灵知之自性也。”此理一心正是指“灵知自性”，二者只是门庭施设的不同，“而所证无两心也”。莲池大师还引证中峰禅师之言以证明：“禅者，净土之禅。净土者，禅之净土也”。
理一心的学说本是净觉仁岳、天如、性澄等大师，为了完成台净融合而开创的说法。其本意是为了以一心三观之天台实相观法统摄净土念佛。而莲池大师则以念佛法门“一心不乱”之理一心，即达摩直指之禅，即真如自性，即法界圆融三谛，完成了他对于融汇诸宗，单提净土的理论架构。此说不同于永明延寿等禅宗祖师所倡导的“禅净双修”、“禅净兼修”，而是在更究竟的意义上开演了“禅净不二”的真谛，完成了禅净最终的同归，这种崭新的开创实可谓前无古人后无来者，尽显一代宗师风范。
3、“《弥陀》分圆”与“《华严》全圆”
莲池大师向来重视经教。“予一生崇尚念佛，然勤勤恳恳劝人看教。何以故？念佛之说何自来乎？非金口所宣明载简册，今日众生何由而知十万亿刹之外有阿弥陀也？” 不但专修净土的人应该学习经教，即便是参禅的人，也应该重视经教的学习，“其参禅者，借口教外别传，不知离教而参是邪因也，离教而悟是邪解也。”所以学佛的人，都应该以三藏十二部为方向，深入经藏。
大师以净土为归依，禅宗、华严的造诣皆十分深厚，在教判思想方面，尤重华严。其净土论典的代表作《阿弥陀经疏钞》即采用华严家总启十门的释经框架，并依贤首五教的判教方式进行撰写。大师不仅是净土宗的祖师，也深受华严宗学人崇奉，清代守一《宗教律诸宗演派》则以莲池大师为华严圭峰下第二十二世。
在《阿弥陀经疏钞》中，大师判《佛说阿弥陀经》正诠顿教，并兼通前后二教（终、圆）。他认为：“此经摄于顿者，盖谓持名即生，疾超速证，无迂曲故。”净土法门持名念佛，带业往生，径登不退，一生取办。其中不历通途法门五十二阶次，疾超速证，无渐教的迂回曲折，是属顿教。顿教之旨，以一念不生即名为佛。持名念佛以持名入无生，无念而念，念而无念，离四句绝百非，是故持名念佛暗合妙道，巧入无生。持名而达一心不乱，与一念无生无二无别，故而《佛说阿弥陀经》正属顿教。
终教说定性声闻，无性阐提，悉当成佛，方尽大乘至极之说。《佛说阿弥陀经》说一些众生念佛，都能往生西方，必定成佛，正合终教意趣。圆教所说，唯是无尽法界，性海圆融，缘起无碍，相即相入，如帝网珠，重重无尽，于中明一位即一切位，一切位即一位，故十信满心，即成正觉，名为圆教。大师举《佛说阿弥陀经》圆融玄境与《华严经》的十同，尽显念佛法门事事无碍，法法圆融。故判《华严经》为全圆，《佛说阿弥陀经》为分圆。“藕益大师谓《华严经》奥藏不出《佛说阿弥陀经》者，印光大师谓念佛法门肇起于《华严经》者，均系由莲池大师此说衍生而出”。
大师以华严教类判释净土法门，彰显了净土法门因彻果地，果彻因源的圆顿本色，驳斥了当时将净土法门局限为愚夫愚妇之学的错误论点，对于净土法门的弘扬产生了积极的影响。
4、对儒家、道家、天主教的态度
佛法传入中国以来，儒释道在彼此融合的同时，也有很多激烈的摩擦。儒佛两家彼此的争执尤为激烈，例如韩愈、欧阳修的谤佛，明教大师、空谷大师也曾谤儒。莲池大师对此采取了调和的态度。他认为：“三教理无二致，而深浅历然；深浅虽殊，而同归一理。此所以为三教一家也。”
有些人为了调和儒佛的矛盾，而将两者不顾各自立场的进行混合。莲池大师对此十分反对：“有聪明人以禅宗与儒典和会，不惟慧解圆融，亦引进诸浅识者不复以儒谤释，其意固甚美矣……若按文析理，穷深极微，则翻成戏论，已入门者又不可不知也。”
莲池大师认为，儒佛两家虽然在一定的理论基础上有所共通，但其根本立场则完全不同，“儒佛二教圣人，其设法各有所主，固不必歧而二之，亦不必强而合之。何也？儒家主治世，佛家主出世”。两者的互相指责，如果站在各自的立场上来看，并非没有道理：“自昔儒者非佛，佛者复非儒。予以为佛法初入中国，崇佛者众，儒者为世道计，非之未为过；儒既非佛，疑佛者众，佛者为出世道计，反非之亦未为过。”
莲池大师认为，站在使众生得真实受用的立场来说，儒佛不应该互相非议，而应发挥各自所长，彼此赞叹：“凡人为恶，有逃宪典于生前，而恐堕地狱于身后，乃改恶修善，是阴助王化之所不及者，佛也；僧之不可以清规约束者，畏刑罚而弗敢肆，是显助佛法之所不及者，儒也。”这样，儒佛两家在世间、出世间两方面正好能够取长补短，岂不美哉？
对于当时天主教的传播，大师认为天主只是忉利天王、三十三天王、大梵天王等等百千万天王中的一个，“彼所称天主者，忉利天王也。一四天下，三十三天之主也……则有万亿天主矣。统此三千大千世界者，大梵天王是也”，这些尚在六道中轮回的天道天王，对于世界的真实只知其一而不知其余，所以不值得崇信。
1、大师律己甚严
大师一生戒珠圆朗，律己甚严。无论是布萨羯磨，还是参禅念佛，大师都身体力行，引领大众。大师性格质直，虚怀应物，凡与大师往来者，无不为大师谦德所感。大师生平惜福，朴实简淡，曾着三十二条白警。直到晚年，大师还坚持自己动手洗衣物、倒便器，从不劳烦侍者。终身粗衣淡饭，一架麻布的床帐，还是大师三十二岁母亲去世时所用。大师生活的简朴，由此可知。
对于僧团生活，大师运筹帷幄，巧用心劳。“胸无崖岸，而守若严城，御若坚兵，善藏其用，文理密察，经济洪纤，不遗针芥。即画丛林日用，量施利，酌厚薄，粒米、茎菜无虚费；核因果，明罪福，丝无挂漏；定程规，秋毫不忽；养老病，公众僧，不渗滴水。”自从云栖丛林重辉以来的几十年以来，大师“未尝妄用一钱”。
虽然古杭云栖寺常住僧人有数千人之多，却没有设立专职化缘的执事，而只是听任信士的布施。稍有盈余，即转施别的寺院、丛林。在古杭云栖寺的库房里，从不储蓄金银，“凡设斋夕卜别持金银作供者，随手散去，施衣药，救贫病，略无虚日。”以免金银众多，反成为寺院的累赘，障碍僧众的修行。
2、云栖僧团整肃
住持古杭云栖寺以来，大师领众精进修行，恒以戒律为根本，以净土为指归，讲经说法数十年不断，禅净融合，注重真修实干。云栖寺处处以清规戒律为丛林之柱石，着作了大量诸如《佛遗教经论疏节要》、《沙弥要略》、《具戒便蒙》、与《菩萨戒发隐》等有关戒律的疏钞，作为僧众学戒持戒的规范。当时南北戒坛久已被禁，为使戒法不绝，莲池大师依律，令戒子衣钵具足在佛前为作证明而自誓受具足戒、菩萨戒。
大师对于弟子出家的要求十分严格，除了律藏中所要求的年龄适当、生理正常等必要条件之外，还要求：“必须由父母或极亲之人亲送至寺；经审核非是忤逆不孝、非犯罪脱逃、非势逼贫穷、非心图放逸、非曾为恶事、非身属大家、非负债不还、非家缘未了者方可；读诵经典方面应已粗知晨昏功课之经，如《心经》、《弥陀经》之类；颇通书字：书不必博学，但亦曾少分读习，字不必工好，但能随分书写”。
由于大师的道德与威望逐渐声名远播，十方衲子云涌而来，大师都慈悲摄受，供给学修之资。由于弟子日渐众多，云栖寺的居住渐显拥挤，火师没有将精力虚耗在屋宇的庄严之上，而是简单的建筑一些可供使用的房舍，供众安身，人师所关注的是僧众素质的提高，人才的培养，僧团的健康发展。
大师肃众极严，所制《云栖共住规约集》规约周详完备，计有：1、大堂规约；2、西堂规约；3、律堂规约；4、法堂规约；5、老堂规约；6、病堂规约；7、各房规约；8、下院规约；9、直院事宜；10、定额人数；11、节省财费：12、出应期会；13、暂到客众；14、外住法眷：15、十方云水：16、众事杂式：17、僧约：18、修身十事：19、各执事约：20、僧值凡例；21、赴请三约：22、善罚例；23、免例；24、摈例；25、求住式；26、学经号次：27、受戒式：28、过犯忏悔式；29、津送式：30、上方善会约：31、流通藏本法宝约；32、藏经堂事宜；33、水陆道场规约；34、诵经礼忏不诚敬罚例。
在这份《云栖共住规约集》之中，我们可以初窥云栖寺当时的规模以及各堂口的设置情况。对于每一个堂口，莲池大师都制定了详尽的共住规约，对于丛林中一切内外事务都做了详细的规定，对于执事的职责范围，甚至对于学僧的学习次第安排都有非常明确、详细的安排和规定。真可谓是事无巨细，全都有章可循。对于僧众的赏罚也都做了分明的规定。
例如，为了养成僧人高尚的僧格，大师订立了《修身十事》：“不欺心、不贪财、不使奸、不用谋，不惹祸、不侈费、不近女、不外骛、不避懒、不失时”。从十个方面列举了僧人平时止持的标准。
对于僧人违反戒律的情况，严重者可以参照《摈例》，较轻者参照《善罚例》。对于丛林平常种种迁单“出院”的惩罚，也有明确的规定，分为《僧约十章》：1、敦尚戒德：2、安贫乐道：3、省缘务本；4、奉公守正：5、柔和忍辱：6、威仪整肃；7、勤修行业；8、直心处众：9、安分小心；10、随顺规制。
3、古杭云栖寺复振丛林气象
古杭云栖寺经莲池大师整饬之后，丛林规矩复振，气象焕然一新：“众有通堂，若精进、若老病、若十方，各别有堂。百执事各有寮，一一具锁钥，启闭以时。各有警策语，依期宣说。夜有巡警，击板念佛，声传山谷，即倦者，眠不安，寝不梦。”
莲池大师在云栖寺每隔半月主持僧团的布萨羯磨，无论提功举过，还是行赏论罚，皆凛若冰霜。憨山大师曾赞曰：“即佛住只桓，尚有六群扰众，此中无一敢诤而故犯者。虽非尽百丈规绳，而适时救弊，古今丛林，未有如今日之清肃者。”可见当时云栖寺道风之淳朴，僧团之清肃。
当时在云栖寺常住的僧众有数千人之多，如广孝、广应、厂—心、大真、大贤、仲光、广润等，都是当时云栖寺的上首。当时的云栖寺，僧众各安其职、精进办道：僧团和合增上、众志成城。冬参夏讲，专勤念佛，远绍只恒精舍，近追庐山莲社，成为当时的江南佛教重镇，十方衲子心驰神往的十方丛林。
大师道风远播，海内贤豪，无论朝野，靡不归心感化。一时，达官显贵、文人雅士、贩夫走卒，纷纷前往古杭云栖寺期望得到大师的法益。大师之在家弟子和私淑弟子不计其数。
大师的弟子中有很多都是海内知名人物，如大司马宋应昌、太宰陆光祖、宫谕张元忭、大司成冯梦祯、陶望龄等，这些达官缙绅，或问道于大师，或亲自来云栖寺参拜者，数以百计。他们与大师谈禅论道，征究生死大事，无不为大师的修为心折，甘愿俯首为大师的弟子。
这些贤豪来云栖寺参拜大师的时候，大师只是将他们作为一般的信众接待，并不因他们身份特殊而特别的礼遇。不为之准备特别的饭食，让他们随众一起粗茶淡饭，夜卧旧草席。这些贤士为法而来，所以也并不计较这些，任凭床上蜥蜴攀爬，蚊虫叮咬，而面不改色，完全忘记了自己高贵的身份，沐浴在大师的法喜之中。
当时的慈圣皇太后崇重三宝，读到莲池大师的《戒杀放生文》时，十分赞叹。并召请大师入朝问法、供养，“赐蟒龙袈裟、设供、问法要。师敬以偈答。”对于这样的殊朵，莲池大师并不倨傲，回寺之后，将太后所赐黄金入寺库供众，紫衣蟒龙袈裟束之高阁，终生未曾披身。太后闻知人师的德行，深为敬仰，特命描绘大师的德相，于宫中礼拜。
大师慈悲利世，只要有利益民生的事情，向来不遗余力。隆庆五年（公元1571）大师初到云栖即为当地民众治虎患、祈雨抗旱，为福乡里。
万历己卯庚辰年间（公元1580），大师又主持兴修了梵村的桥梁。梵村旧有朱桥，每年都被钱塘江的潮汐冲塌，屡建屡毁，成为当地的一个难题。当地的村绅请大师主持修建朱桥，大师募化建桥的资金，不论贫富只收八分银子。有人疑惑：兴修水利，大家都愿意多出钱。可大师为什么只让每个人出这么少的银钱呢？大师回答说：“心力多则功自不朽。2”在大师的感召—卜，不久建桥的款项就积累了上千两黄金之多。大师聚集了人工，安置桥基，每下一桩都亲自持咒百遍。赶在潮汛来临的前／乙大修好了新桥。这以后，潮汐再也没有将朱桥冲塌。
万历戊子（公元1588），这一年杭州发生了人规模的瘟疫，每日因瘟疫的传染而死去的病人就达到上千人之多。当时杭州的太守余良枢，来请大师到灵芝寺，举办大法会祈祷消灾，大师欣然而往，没多久瘟疫就停止了。
大师极意戒杀放生，着《戒杀放生文》盛行于世。万历壬辰年（公元1592）大师在净慈寺开讲《圆觉经》，来听经的信众每天有数万人。大师以这个因缘赎寺前的万工池作为放生池之用。大师八十诞辰时（公元1614），又将寺前的放生池拓广。各处的放生且不算，仅寺前的放生池，合城中上方寺、长寿庵的两池，每年要花费百余金。
另外大师还在五云山中设放生所，救赎飞禽走兽等动物放生、喂养，僧众省出自己的口粮来喂养这些放生的动物，每年要用去粮食两万四千斤。不仅仅是放生、喂养，云栖寺的僧人还对这些飞禽走兽讲说佛法：“亦有警策，守者依期往宣白，即羽族善鸣噪者，闻木鱼声，悉寂然而听。宣罢，乃鼓翅喧鸣。3”
莲池大师以念佛得力，主要弘扬东林净土和南山戒律，着有《弥陀疏钞》四卷、《戒疏发隐》五卷。另外又编撰了《禅关策进》一卷，阐述禅净双修，不山一心的“禅净一心”思想。大师一生笔耕不辍，着作葚丰，其中有很多是对弟子的警策之语。大师向来教诫弟子：“贵真修，勿显异。”所以大师很多灵验、奇异的事迹并没有记录—卜来。
除上述三种，大师的代表作还包括：《佛遗教经节要》、《诸经日诵》、《竹窗随笔》、《往生集》、《西方愿文略释》、《净土疑辩》、《具戒便蒙》、《沙弥要略》、《尼戒录要》、《僧训日记》、
《缁崇行录》、《楞伽经摸象记》、《华严感应略记》、《皇明名僧辑略》、《武林丙湖高僧事略》、
《自知录》、《放生仪》、《戒杀放生文》、《正讯集》、《直道录》、《山房杂录》、《云栖遗稿》、《云栖共住规约集》等等，大约有三十余种（连同附件近四十种）。大师往生后，由受业弟子大贤法师及居士邹匡明等搜录遗书，编集成《云栖法汇》三十二卷，分为释经、辑古、手着三类。
此外大师还修订了《法界圣凡水陆胜会修斋仪轨》六卷、《瑜伽焰口》和《朝暮课诵》等流传至今。
明崇祯十年（公元1637）比丘智瑛募资将《云栖法汇》刊为方册，共三十四册行于世。现今流通的版本则为清朝光绪二十三年（公元1897）由金陵刻经处重刻刊行。
五、大师的往生及古杭云栖寺净宗八祖道场的确立
大师在古杭云栖寺住持其间，一直致力于净土法门的弘扬。自初来云栖至大师往生的四十四年间，大师言传身教接引无数佛子同登净域。火师早年自京城南返，经东昌府时早已彻心本源，惑破无明。憨山亦赞大师曰：“岂非地涌之一乎？抑自净土而来乎？”而大师为愍念末法众生，再证念佛法门之胜异方便，特为示现往生净土的瑞相。
万历四十三年六月，大师往生半个月前，亲自往杭州城内与宋守一等众弟子话别。大师对他们说：“吾将他往矣”，众弟子均未明白大师的慈悲意指。回到云栖寺之后，大师设普茶供众，并与大众说：“此处吾不住，将他往矣”，众僧亦不知大师意谓何指。
临近中元节，按往例，寺里设盂兰盆供，各人超荐自己的祖先。大师说自己今年不参加中元节了，并命寺里的簿记，密题之曰：“云栖寺直院僧，代为堂上莲池和尚追荐沉氏宗亲”。后来大家才知道这也是莲池大师预知时至的昭示。
七月初一晚，莲池大师在念佛堂嘱咐大众说：“我言众不听。我如风中烛，灯尽油干矣。只待一撞一跌，才信我也……明日要远行！”僧众这才知道大师预知时至，即将往生。都苦苦的挽留火师，希望人师长久住世，法轮常转。大师遂做“三可惜”、“十可叹”之辞警众。又令侍者为正在寺中的淞江居士徐琳等五人送去遗嘱五份。
是夜，大师在丈室示现身染微疾，闭目不语。众人急忙给城中的弟子报信，并围绕在大师的身边。莲池大师睁开眼睛对大众说：“大众老实念佛，毋捏怪，毋坏我规矩。”众人问谁可以做云栖寺下一任的住持，人师说：“戒行双全者。”众人又问在新的住持产生之前，应该以谁为号令？大师说：“姑依戒次（目前可以按照戒腊的高低为序）”。大师说完这些后，即面丙念佛。
万历四十三年（公元1615）七月初二日午时，莲池大师面西念佛，端然而逝。世寿八十一岁，僧腊五十。大师生前曾定好自己往生后墓地的位置，众弟子即将大师全身入塔，供奉在云栖寺边的五云山麓。
莲池大师的一生戒珠圆朗，极唱莲邦，影响广泛，威望极高。与明紫柏真可、憨山德清、藕益智旭并称为明代四大高僧。
憨山大师赞叹大师曰：“总师之操履，以平等大悲摄化一切，非佛言不言，非佛行不行，非佛事不作。佛嘱未世护持正法者，依四安乐行，师实以之。”并说，历代的祖师或用功参究以一心，或尽修尘劳而万行，象莲池大师这样能够“即万行以彰一心，即尘劳而见佛性者，古今除永明，惟师一人而已”。憨山大师还夸赞莲池大师说：“惟师之才足以经世，悟足以传心，教足以契机，戒足以护法，操足以励世，规足以救弊。至若慈能与乐，悲能拔苦，广运六度，何莫而非妙行耶？”大师一生广行利他，护持正法，力挽明末佛教颓势，大力的弘扬净土法门：“非夫应身大士，朗末法之重昏者，何能至此哉？”
莲池大师身后盛为历代帝王所尊崇。据有关史籍记载，清康熙二十八年（公元1690），康熙皇帝曾亲诣古杭云栖寺。雍正十三年（公元1736），雍正皇帝册封莲池大师为：“净妙真修禅师”，编入御选语录并御制像赞，赞曰：“三乘十地，顿渐偏圆，一句具足，法尔如然，作么一句，阿弥陀佛，方广等平，圆通明彻3”。据《云栖纪事》载，乾隆十六年、二十二年、二十七年、三十年，乾隆皇帝曾四次来到古杭云栖寺，并均有御笔、财物等赏赐。嘉庆十七年（公元1803），云栖寺不慎失于火灾，火烧殿宇房屋六十余间，嘉庆皇帝特颁内帑并谕募缘重修。
大师德荫后世，道感千古，厚德流光，独步千古，诚为净上宗一代宗师巨匠。大师往生之后，大师的弟子们经过仔细的讨论，认为白延寿人师至莲池大师行化于世，中间相隔六百四十年之久，此间教法式微，禅宗暗昧，净宗不振。虽然这当中也有弘宗演教，盛赞净土的高僧大德出现，但均收效甚微。独莲池大师，对净上宗的弘扬，对教法的振兴，居功最伟。故众弟子一至推举莲池大师为莲宗八祖，“莲宗之祖，匡山逮永明而七……至是，诸大弟子周发谘谋，协于克一，定以师为莲宗八祖。”
按照宋代志磐法师在《佛祖统计》卷二六中，所列莲宗七祖为慧远、善导、承远、法照、少康、延寿、省常为莲宗七祖，其中延寿大师为第六祖，第七祖应是省常大师。这也许是当时对莲宗祖师的谱系的排列各不相同的缘故。事实上净宗对祖师的谱系直至民国时期，才最后由印光大师拟定，成为海内的共识。（三）古杭云栖寺成为净土宗八祖道场
莲池大师净土宗八祖的确立，古杭云栖寺也随即成为净土宗的八祖道场。自此灯灯相传，焰焰相续。白莲池大师中兴云栖寺至民国初年的三百多年间，古杭云栖寺法嗣连绵，法筵不息。
临海项十元在上世纪三十年代曾编纂《云栖志》十卷，由书中可以知道，当时的云栖寺还是一个殿宇完整，道风纯正的净十道场。殿宁有韦驮殿、大殿、药师殿、地藏殿、祖师殿、长生福殿、夫人殿等七处，堂有念佛堂、禅堂、法堂、静观堂、寿惠堂、行积堂、斋堂等七所，轩有翠竹轩、补云轩、五云深处等，此外尚有僧房、客房、库房、厨房、书记室、工役室、豆腐室、杂物室等生活用房。《寺志》中有“云栖寺全图”一幅，是一张标有丈量尺寸的平面图，颇有参考价值。《寺志》书首有莲池大师像，继有“总图”以明本寺之区域，次揭“寺图”以示庄严，再依次凡名胜古迹，寺藏文物等，均有照片以存真。此类之摄影计有“云栖竹径”、“云栖道上之回龙亭”、“云栖寺前之松云亭”、“莲祖塔院之石径”、“莲祖塔院之头门”、“莲祖真身塔龛”、“云栖寺山门”、“云栖寺大殿”、“莲池大师遗墨”、“董文敏（其昌）手书《金刚经》真迹”、“青林高会图”等。
1962年寺址改建为杭州市工人疗养院。
