l.用于诊断：人体本身是一个有机的整体，内部脏腑有病可以反映于机体的体表，故《灵枢·本脏》说：“视其外应，以知其内脏，则知所病矣。”一般来说，人体内脏的病变或其相互关系的异常，皆可从其色泽、声音、形态、口味、脉象、舌苔等方面反映出来。故《难经·六十一难》说：“望而知之者，望见其五色，以知其病。闻而知之者，闻其五音，以别其病。问而知之者，问其所欲五味，以知其病所起所在也。切脉而知之者，诊其寸口，视其虚实，以知其病，病在何脏腑也。”
可以看出，正是由于对五脏与五色、五官、五味、五音等进行了五行分类归属，作了一定的联系，这种五脏系统的层次结构，即为临床诊察疾病奠定了理论基础。在临床实际运用时，我们即可以综合四诊材料，再根据五行之所属及其生克乘侮规律来推断病情。
一般说来，中医诊病很重视色诊与脉诊的结合应用，且能从客观上大致反映出疾病的状况，但是，欲从色脉来判断病情的发展趋势，则又必须根据五行生克规律来进行推测。《医宗金鉴·四诊心法》指出：“色脉相合，……。已见其色，不得其脉，得克则死，得生则生。”
2.用于治疗：主要在于控制疾病的传变和确定治则治法。
（1）控制疾病的传变：疾病的发生主要是由于人体的脏腑阴阳气血功能失调所致，而脏腑组织的功能失调，也必然反映于内脏生克制化关系的失常。疾病的传变，亦常是一脏受病而波及他脏，或他脏受病而传其本脏。因此，在治疗时，除对所病本脏进行适当处理外，特别应考虑到与有关脏腑的传变关系，并应根据五行学说的生克乘侮规律，来调整其太过或不及，以控制其疾病的传变，使之恢复其正常的功能活动。
例如肝脏有病，则应先强健脾胃，以防其传变。脾胃不伤，则疾病不传，且易于痊愈。故《难经·七十七难》说：“见肝之病，则知肝当传之于脾，故实脾气。”这种病在本脏，治在他脏的原则，充分体现了中医治疗学中的整体观点。
然而，疾病的传变与否，还取决于脏腑的机能状态。即五脏虚则传，实则不传。故《金匮要略》又指出：“见肝之病，知肝传脾，当先实脾，四季脾旺不受邪，即勿补之。”即是此意。
总之，在临床工作中，我们既要掌握疾病在其发展过程中的传变规律，并根据其生克乘侮规律及早控制其传变，防患于未然。又要根据其具体病情而进行辨证论治，因此不能把五行的某些关系当作刻板的公式而机械地运用，应当具体问题具体分析，灵活对待。
（2）确定治疗原则和治疗方法：主要是根据相生或相克规律，来确定相应的治疗原则和方法，主要有如下几方面：
一是根据相生规律确定治疗原则：多用于母病及子或子病犯母（即子盗母气）等证候。《难经·六十六难》说：“虚则补其母，实则泻其子。”故其基本治疗原则，即是补母或泻子。
此外，运用相生规律来进行治疗，除母病及子或子病犯母可采用补母或泻子进行治疗外，若系单纯的子病虚证除补虚外，亦可运用母子关系，兼顾补其母以加强其相生力量，从而有助于子脏虚证之恢复。
根据五行相生规律而确立的治疗方法，临床常用者，主要有滋水涵木法、金水相生法、培土生金法这三种。
二是根据相克规律确定治疗原则：临床上多用于因为相克关系紊乱而出现的乘侮病证。主要有相克太过、相克不及和反克（即相侮）之不同，其主要机理则是应用抑强或扶弱方法，并侧重于制伏其强盛，从而使弱者易于恢复。此外，在必要的时候，亦可在其强盛之一方尚未发生相乘传变时，利用其相克规律，预先加强其被克者的力量，从而防止病情的发展。
根据五行相克规律确定的治疗方法，临床常用者有抑木扶土法、培土制水法、佐金平木法、泻南补北法这四种。
应当指出，肾为水火之脏，肾阴虚亦能使相火偏亢或妄动，从而出现性机能亢奋，可见梦遗、耳鸣、喉痛、咽干等症。此属肾脏本身之阴阳偏盛、偏衰，不能与五脏相互关系之水不制火混为一谈。
此外，在针灸疗法中，五行生克关系的应用亦有其重要的意义。针灸医家将手足十二经四肢末端的穴位分属于五行，即井、荣、俞、经、合五种穴位，分属于木、火、土、金、水，临床上即可根据不同的病情，运用五行生克乘侮规律而选择穴位，进行治疗。
