中草药有些属来源于不同的植物而名称不同，有些属于产地不同而名称不同。它们一般功效不同，不能相互代替。
赤芍和白芍
赤芍味苦，性凉，具有化瘀、止痛、凉血、消肿的功效，对肠风下血、月经不调、自汗盗汗、目赤肿痛、腹痛、胁痛等症有较好的治疗效果。白芍传统上多用于阴虚发热、自汗盗汗，主治头晕、头痛、胸胁疼痛、痢疾腹痛、阑尾炎腹痛、腓肠肌痉挛、痛经和月经不调等症。
南沙参与北沙参
北沙参味甘，微寒。归肺、胃经，能养阴润肺、益胃生津。主要用于阴虚肺燥或热伤肺阴所致的干咳痰少、咽喉干燥等。南沙参性味、功用与北沙参相似，但效力较北沙参弱。此外，略有祛痰、补气的作用，主要用于肺燥咳嗽及温热病后气液不足。
浙贝和川贝
川贝母(川贝)主产于四川阿坝甘孜等地，浙贝母(浙贝)多为栽培品，主产于浙江宁波地区。川贝母药效偏于补，以扶正为主，适用于肺阴虚引起的慢性咳嗽;浙贝母药效偏于散，以去邪为主。对急性呼吸道感染引起的咳嗽有很好的疗效。
南柴胡(软柴胡)、北柴胡(硬柴胡)和银柴胡
南柴胡的解热作用比北柴胡效果好，而北柴胡治疗肝炎的作用好，有明显降低血清转氨酶的作用，其效果明显优于南柴胡。而两种柴胡降低肝脏过氧化质脂(LPO)的作用则基本相似。所以，在应用这两种柴胡时应该考虑到以上特点。用于治疗感冒时，尽可能选用南柴胡，而且煎煮时间应适当短一些(因为柴胡中的挥发油煎煮时易丢失)。用于治疗肝炎时就该用北柴胡，煎煮时间应适当长一些(因为柴胡皂苷较难溶于水)。这样既能减少有效成分的丢失，又能够提高疗效。而银柴胡则是清虚热药，主要用于治疗阴虚发热、骨蒸劳热、小儿疳热等症。
