从经络理论来分析，腧穴从属于经络，它是通过经络系统与体内的脏腑和有关部位相联系。形式上，腧穴与经络是“点”与“线”的关系。这些“点”有的直接与经脉相通，有的与其“支而横者”的络脉相通，位置有深有浅，区域有大有小。如位于四肢末端的穴位较小较浅，位于大关节附近的穴位则较大较深。《内经》称腧穴为“脉气所发”和“神气之所游行出入”处，即指腧穴为经络气血集散之处，这是腧穴输注气血的特点。
腧穴与脏腑密切相关，在疾病情况下，腧穴有反映病痛的功能。《素问•气穴论》说“孙脉”(细小的络脉)，能“以溢奇邪，以通营卫”。腧穴即当孙络和卫气散布的所在。
腧穴部感觉、色泽和形态的异常，在一定程度上能反映出脏腑经络的病变。其主要表现在压痛、酸楚、硬结、隆起、郁血、松陷等。明代张介宾于《内经》：“留瘦不移，节而刺之”的注解中说：“凡病邪留不移者，必于四肢八溪之间(指四肢关节)有所结聚，故当于节之会处索而刺之。”结聚，当是指皮下硬结等现象，这种现象的出现并不限定在四肢，更多见于躯干部穴位。它既可反映局部软组织的疾患，还可反映脏腑病症。如肺脏病症常可在中府、肺俞、膏肓俞等穴出现压痛;冠心病病人可在神堂出现压痛;胃下垂病人常在足三里处出现条索状物，中脘处出现结节，胃俞处出现凹陷等。要据穴位能反映脏腑病症这一特点，近代还发现了一些新的穴位，如在小腿外侧部的足三里和上巨虚之间找到反应阑尾病变的阑尾穴。近人还应用了穴位温度测定、电学测定、光学测定等法，以进一步探索研究腧穴和脏腑及其疾病的关系。
明•汪机《针灸问对》说：“经络不可不知，孔穴不可不识。不知经络无以知气血往来;不知孔穴无以知邪气所在。知而用，用而的，病乃可安。”指出了经络与穴位的关系及其重要性。针灸等法都是通过作用于腧穴而实现的，它基于经络腧穴所具有的传导感应和调整虚实的功能。针刺穴位时所出现的“得气”和“行气”现象就是经络传导感应功能的具体表现。《素问•五藏生成》解释穴位的特点时说：“此皆卫气之所留止，邪气之所客也，针石缘而去之。”针灸等法就是通过穴位来调气，以补虚泻实，扶正祛邪。针刺穴位首先接触到卫气，其次到营气，再次到谷气，到达谷气即出现应有的感应。“刺之要，气至而有效”，主要是指谷气。《千金翼方》说：“凡孔穴者，是经络所行往来处，引气远入抽病也。”说明穴位是通过经络而与人体各部发生联系，能“引气远入”而治疗有关病症。近代大量的观察和研究证明，针刺穴位所起的调整作用是多方面的，除对神经系统功能有明显影响外，还对内分泌、呼吸、血液循环(包括微循环)、消化、排泄、防御等系统的功能以及体温与物质代谢等方面的调节都有着不同程度的影响。
