新生儿(指出生后不满28天)便秘的原因大多为：
人工喂养：牛奶经消化所含的皂钙较多，易引起大便干结，从而便秘。
乳量不足：如果吃奶吃得少，或呕吐较多，或进食补液的小儿可引起暂时性的无大便。另外，新生儿的消化道肌层发育尚不完全，这样易引起便秘，还可同时伴有吐奶。只要小儿体重不下降，呕吐和便秘的现象都是正常的。
外科性疾病：可能的畸形包括肠道闭锁、肠狭窄、肠旋转不良、先天性巨结肠、先天性无肛、骶尾部脊柱裂、脊膜膨出、肿瘤压迫马尾部神经等，这些疾病常伴有严重的呕吐和腹胀的现象，需及时诊治。
值得注意的：新生儿几天不大便不一定是便秘
新生儿由于解便机制未发育成熟，所以无法定时解便，常常要大便积多，直肠壁的神经感受到膨胀压力，引发反射性的解出，这就是有些婴儿几天才解一次大便的原因，用温度计刺激，因为可引发反射，所以也可以使其解便。
吃母奶的小孩，由于母奶吸收较完全，大便量较少，有些婴儿反而会好几天才解一次便，不一定随吃随解。所以，新生儿几天不大便不一定是便秘，判断新生儿是否便秘的方法是观察大便性状，如果性状正常，几天不大便也属正常。
正常新生儿的大便什么样：
母乳喂养的小宝宝的大便是黄色或金黄的，稠度均匀，药膏状，可有小颗粒，偶尔稍稀薄，可以带少量绿色。如果奶中所含的碳水化合物较多，即我们平时所说的糖类较多，在肠道中发酵，使得大便柔软，并且含有很多的泡沫，可以使大便的次数增多。
人工喂养的新生儿，若以牛奶喂养为主，大便为淡黄，质地可以较干燥，可有明显的臭味，这是因为牛奶中含有高蛋白，分解时较臭。大便中可有白色奶块，这是因为牛奶中含大量络蛋白，消化时易于与钙结合形成皂钙的缘故。
