乙肝病毒的结构并非一成不变，在病毒复制的过程中，某些病毒的基因会发生变异，医学上称之为基因突变。乙肝病毒的变异有很多种，其中有些变异会使治疗变得更加复杂，例如病毒发生耐药变异等。
常见的病毒变异与乙肝e抗原（HBeAg）相关。在没有出现病毒变异的患者中，e抗原阳性与活动性病毒的复制相关。当机体出现e抗体（HBeAb)时，称为血清转移，标志着活动性病毒复制停止。但在发生病毒变异的患者体内，虽然已经出现了e抗体，但病毒仍在继续复制。
伴有病毒变异的这种HBeAg阴性的慢性乙肝患者和已经发生血清转换的患者往往不易区分。我们常把已发生血清转移的患者称为非活动性的乙肝携带者，因为他们体内的病毒复制水平极低。而对于伴有病毒变异的HBeAg阴性的慢性乙肝患者来说，病毒仍处于持续复制的状态，其肝酶水平往往仍会升高，且有反复的肝炎表现。也就是说，肝脏仍处于受损状态。在亚洲患者中，约2/3的肝硬化和肝癌发生于机体产生e抗体之后。
