二级预防是指对已明确诊断为CKD的病人进行及时的药物治疗，以延缓肾脏功能的恶化，防止发生尿毒症。
最常用的药物：免疫抑制剂
糖皮质激素（强的松）和细胞毒药物（环磷酰胺）是治疗各种原发性或继发性肾小球肾炎最常用的药物。糖皮质激素可以通过多种途径抑制免疫和炎症反应，通过降低肾小球基底膜的通透性来发挥消除尿蛋白的作用。治疗原则为开始剂量要足，减量要缓，维持时间要长。
对不能使用激素或者使用激素和细胞毒药物无效的病人，可改用其他免疫抑制剂，如环胞霉素、骁悉、来弗米特、中药雷公藤多甙等。由于免疫抑制剂通常副作用比较大，因此需要在专科医生指导和严密监测下使用。
降压药：需坚持使用
血管紧张素转换酶抑制剂（ACEI）和血管紧张素Ⅱ受体拮抗剂（ARB）这两类药能阻断肾素—血管紧张素—醛固酮系统，不仅能够降压，还有独特的肾保护作用，能减少血压正常或异常的患者的尿蛋白，延缓肾损害的进展。但存在脱水或中、重度肾功能不全，以及双侧肾动脉狭窄的患者则不宜选用这两类药物。其他降压药，如钙通道阻滞剂、利尿药、β受体阻滞剂及α受体阻滞剂等在慢性肾脏病中的应用也很广泛。
营养制剂：抑制尿素生成
如复方a-酮酸片，商品名叫开同，含有4种酮氨基酸钙、1种羟氨基酸钙和5种必需氨基酸。服用这种营养制剂可以使人体再利用氮，因而能抑制尿素生成，改善蛋白质的代谢。此外，还可以使用促红细胞生成素和铁剂来纠正贫血。
磷结合剂：改善钙磷代谢
碳酸钙可用于有钙磷代谢紊乱的慢性肾功能不全患者，以纠正低钙高磷血症。其他磷结合剂还包括醋酸钙、氢氧化铝凝胶、碳酸镧等。
活性维生素D3（骨化三醇）是维生素D的主要活性成分，能促进小肠和肾小管吸收钙，从而纠正低钙血症，并能抑制慢性肾功能不全导致的甲状旁腺功能亢进。
碳酸氢钠：调整酸碱平衡
主要用于纠正慢性肾功能不全患者的代谢性酸中毒。
利尿剂：消肿降压
主要用于利尿消肿和高血压的治疗。
清毒药物：促进毒素排出
包括药用活性炭及一些促进大便排泄的药物。
