为进一步推进三大工程，中国中医科学院将针对制约中医药防病治病能力提高的关键科学问题，开展中医药前沿领域的创新研究。主要包括以下几个方面——
1.中医古籍文献的知识挖掘
开展对存世的中医孤本善本的调研、保护方法与技术研究；开展海内外中医药古籍文献回归、整理研究；开展基于中医古籍文献的知识挖掘，对中医各家流派学术思想和诊疗经验进行整理和提炼，丰富和完善中医理论体系。
2.中医基础理论核心问题研究
遵循中医对生命现象、健康状态与疾病发生发展规律的认知方法，基于临床研究，开展天人相应、形神统一、脏腑相合、气化学说、经络学说、证候理论、治未病、治则治法、方剂配伍与中药药性理论等基础理论核心问题的研究，创新和发展中医理论。
3.中医药作用机理现代研究
充分利用系统生物学、生命科学、数学、信息科学等多学科的方法，开展中医药的现代研究，揭示作用机理。加强中医药研究技术平台建设，促进中医药的研究与现代科学技术的融合。
4.中医防治常见病、多发病和重大疾病的临床研究
开展中医预防理论及方法的整理和挖掘研究；开展中医预防重大疾病方法与方案的研究；开展中医早期诊断方法与技术的系统研究；开展中医防止疾病传变干预方法与方案的研究。
深化研究并推广中医药防治100种常见病、多发病和重大疾病的具有特色的治疗方法，研制诊疗标准与规范、临床实用技术操作规范等；开展中医提高患者生存质量方法及方案的研究。
5.中医疗效评价方法与技术研究
开展适合中医的疗效评价方法研究，完善中医疗效评价体系；开展基于病历报告的疗效评价标准研究；开展中医药早期干预延缓发病或控制并发症的大样本流调研究。
6.中药新药创制关键技术研究
加强新药研发技术平台及关键技术的研究；加速重大疾病的新药研制，研制一批技术含量高、疗效确切、毒副作用小的新型治疗用药；加强名优中成药的二次开发及院内制剂的开发研究；开展中药制药质量控制关键技术和成药质量标准的基础研究；开展生物技术等新型技术在中药开发中的应用研究；探索方剂多组分的药物代谢与相互作用关系等。
7.中医诊疗仪器设备的研发
运用信息学等多学科方法，开展中医四诊信息采集、识别、处理与分析的方法和技术研究，研发中医诊断系统和临床数据分析系统；基于中医非药物特色疗法的优势，研发一批符合中医整体调节原理，能够提高中医治疗水平的治疗仪器和设备，并切实在临床上推广。
8.中医药标准规范的研究
规范中医医疗卫生和中医药学科研活动，健全和完善中医药学标准体系。开展针灸、推拿、骨伤科等诊疗技术及其标准研究，完善技术操作方案，形成应用规范和指南，构建符合自身特点的中医药标准规范体系。
