医院口腔科诊疗具有使用器械种类多、侵入性操作多、患者基础疾病复杂多样等特点，且医务人员与患者接触距离短，面临着唾液、分泌物和或血液、组织碎屑飞溅，以及锐器伤等职业暴露的风险，极易发生交叉感染。因此，对患者都应详细询问病史，特别是传染病史。对进行口腔外科诊疗的患者，建议或强制进行病毒三项检测，对检测结果阳性患者，应在特殊诊疗区专机专人负责治疗。因条件受限，未设置特殊区域或专机时，诊疗应安排在其他患者之后，处置完毕严格进行终末消毒处置。
诊疗前对所有患者含漱甲硝唑溶液或用1%过氧化氢漱口进行口腔准备，以降低口腔微生物特别是病原菌的数量。对可穿破口腔软组织、骨组织、接触患者伤口和血液的器械必须灭菌。接触患者完整黏膜或不接触穿破口腔软组织的医疗器械，如口镜、物理测量仪等，应采用规范的消毒灭菌技术方法进行处置。
注意诊疗操作中的细节问题。提倡双人配合操作即“四手操作”，减少不必要的污染。患者拔牙时或口腔治疗后，特别是使用气枪、水枪、高速涡轮手机时，每次使用后应继续运转一段时间，以排出其中的余水和气体，防止患者口腔分泌物、血液或组织碎屑回吸进入器械内部。各种器械使用后应反复清洗，彻底去除黏液和血液，再经压力蒸气灭菌后备用。
医务人员在诊疗操作中应戴口罩、帽子，必要时戴防护镜或面罩，给每位患者操作前后应严格进行卫生洗手或手消毒。操作中严防利器伤，用过的锐利器械如拔髓针、扩大针、手术刀、剪等，禁止用手直接接触或传递给他人，以减少或避免二次接触。
