大部分真菌感染性疾病集中于皮肤、指甲和毛发等浅部组织，但随着各种侵入性治疗、强化化疗、移植术的广泛应用，机会感染逐渐增多，其中就包括真菌感染。与浅部感染不同，机会性真菌感染为侵袭性、深在性，临床危害大，致死率高。更早、更快、更准确的辅助检查，对疾病诊治至关重要。
更早 真菌损伤血管前
传统的真菌培养需要较多的菌量，因此只有在疾病晚期真菌大量繁殖时才能出现阳性结果。而此时即使明确了诊断，感染往往难以逆转。随着科技的进步，血清学方法和分子生物学方法都可以检测到微量感染标志物。在真菌感染早期，可以通过血清学方法或者分子生物学方法，将微量感染标志物放大，通过自动化仪器直接读出报告。
骨髓移植患者易于出现侵袭性肺曲霉病。曲霉感染肺部，血液中真菌孢子量很低，血培养基本都是阴性。而GM试验（血清半乳甘露聚糖EIA）是针对曲霉生长时释放入血的半乳甘露聚糖抗原设计的酶联免疫吸附试验，可以发现血清中低至1ng/ml的抗原成分。在疾病早期，病情并不严重时就能检测到。
在败血症中占到第四位的致病微生物——念珠菌，由于血液中孢子载量低，还存在一些培养抑制因子，所以培养的阳性率只有50%左右。G试验是检测念珠菌细胞壁的成分。其在真菌对数生长期大量释放入血，在血液中孢子数很低时，其含量已经开始升高，可以通过激活G因子引发凝集反应。这一反应可以通过仪器检测到。
上述血清学方法使疾病诊断时间大大提前，但是临床医生希望更早。能否在真菌侵犯血管之前就检测到？对支气管肺泡灌洗液的GM抗原检测使诊断时间又向前提了一步。但在更早的同时，需要注意检测的准确性。
更快 只需床旁一滴血
真菌生长缓慢，即使临床样本中有足够的真菌孢子或菌丝，这些成分生长成肉眼可见的菌落仍然需要3~7天的时间。对于危重患者而言，这几天往往就是挽救生命的关键期。真菌实验室常常会遇到这种情况，培养基中终于有菌落生长了，马上通知病房，得到的回答却是这个病人已经去世了。此时再准确的结果也失去了意义。
快速检测是临床对真菌感染诊断提出的又一要求。新型的血清学检查方法GM试验和G试验可以把检验时间缩短到半天。隐球菌乳胶凝集试验只需要不到1个小时。曾经有临床医生提出一个设想，对于真菌病的检验能否像血糖检验一样，在床旁取一滴血，马上就能得到结果。这个曾经看似难以实现的愿望现在正向现实迈进。新型隐球菌荚膜多糖抗原金标法就简单到可以床旁操作，只要一滴血清，与试剂混合后，将试纸条插入，等待十分钟，结果就一目了然。
更准 基因测序来帮忙
随着免疫受损患者的日益增多，以往被认为是污染菌的很多环境真菌也出现人类致病的报告。这就导致临床真菌室需要进行鉴定的真菌涵盖各个种属。不同种属的真菌在致病性、药物敏感性方面千差万别，明确的菌种鉴定对疾病诊断、临床用药、病情预后至关重要。
传统的真菌分类学家往往一生只关注一类菌种，但是临床真菌鉴定人员不可能只遇到一类菌。得益于对真菌分子特性的深入认识，目前菌种鉴定也可以借助基因测序。分子鉴定更加准确，也更加客观。但是，如果片面强调分子特点而忽略形态表现，往往会造成一些低级的错误。分子鉴定是建立在对真菌形态特征充分掌握的基础上，是锦上添花。只有形态特征和分子特征相一致，这样的鉴定结果才经得住考验。
