肺结核病在医生中的诊断方法各异，非结核分枝杆菌从结核样病人中分离出的阳性率比例甚小，这样使医生的诊断工作又蒙上雾纱。如何借医生一双慧眼精确甄别菌阴肺结核（即痰抗酸杆菌阴性及痰结核杆菌培养阴性者）呢？笔者总结了菌阴肺结核病时下诊断鉴别中的应用相关实用技术。
痰抗酸杆菌阳性的病人，结合病史、症状、影像学等检查，临床即可确诊。1999年上海第一肺科医院报道，15年间5592名痰抗酸杆菌阳性患者中经鉴定为非结核分枝杆菌者173名中有咳嗽症状者占78%，咯血者58%，发热者26%，有空洞者40%。其表明有一定的致病性。
CT影像学检查具有决定性作用
痰抗酸杆菌阴性的病人，在所有结核病人当中痰菌阳性的只占1/3左右。影像学，尤其是CT在肺结核病的诊断中具有重要甚至是决定性的地位。肺结核的CT影像学具有多部位、跨叶跨段、多形态、斑点、斑片、索条、结节、空洞等、多钙化的特点，且往往伴有纵隔淋巴结肿大。
MRI（核磁共振）具有良好的软组织分辨能力，对中枢神经系统结核具有独特的诊断价值，对椎体结核、肾结核的诊断也不能小觑。如MRI可明确椎管内型结核，显示出椎体及椎间盘轻微病变及对肾结核的定性等。
正电子发射计算机断层显像（PET）用于肺部单发结节（SPN）的鉴别诊断、肺及其他恶性肿瘤的分期及治疗监测，以及活动性结核病变治疗的监测。
1997年Wilson等应用分枝杆菌噬菌体感染结核分枝杆菌，建立了检测结核分枝杆菌的噬菌体生物扩增法（PhaB）。由于该法快速（只需24~48小时）、简便，而且灵敏、特异，非常适合缓慢生长的结核分枝杆菌的快速测定，是一种很有发展前途的检测新技术，能提高菌阴肺结核确诊率。
细胞免疫学对儿童结核诊断有参考价值
结核病细胞免疫学诊断方法：一、结核菌素皮肤试验（PPD）：该法广泛用于结核分枝杆菌感染、流行病学调查、结核病的辅助诊断、检测卡介苗接种是否成功等，其对儿童结核病的诊断具有重要的参考价值。但该法往往难以区分BCG（卡介苗）接种和结核分枝杆菌感染。二、干扰素释放试验（IGRAs）：由于认识到IFN-在调节对结核分枝杆菌在细胞介导的免疫反应中起重要作用，从而使得IGRAs用于检测结核感染；2010年6月美国疾控中心更新了美国FDA批准的成人和儿童使用IGRAs检测结核分枝杆菌感染指南。
结核病的体液免疫学诊断：结核抗体测定在临床广泛使用，尤其是对菌阴肺结核、儿童结核、无痰患者及肺外结核、结核性脑膜炎的诊断和鉴别诊断具有重要价值。
由于结核病是属于迟发型变态反应，主要是T淋巴细胞参与的，故T细胞亚群测定主要是CD4、CD8及CTLs等的变化。TSPOT是一种新方法，酶联免疫斑点实验(ELISPOT)技术在近年来得到广泛的关注,其出色的敏感性和特异性使其不但成为最吸引人的免疫监测候选方法之一,而且可以应用于疫苗的研发、临床诊断以及基础研究等多个方面。TSPOT-TB的敏感性和特异性均较高，可用于结核感染的快速检测，但无法判断结核的活动性或潜伏感染。
未来可采用分子生物学诊断手段
结核病的介入学诊断手段有纤维支气管镜（包括支气管肺泡灌洗术（BAL）、经支气管针吸活检（TBNA）、支气管镜肺活检（TBLB）等、电子胸腔镜、纵隔镜、CT定位下经皮肺穿刺等，不再一一赘述。
1998年英国Sanger中心和法国Paseteur研究所科学家合作完成了结核分枝杆菌H37Rv株的全基因测序工作。2001年10月完成了结核分枝杆菌CDC1551全基因组的测序工作。现已研究清楚，95%左右的结核病患者对RFP耐受是由于结核分枝杆菌rpoB基因突变所致，突变一般发生在rpoB507位至533位的27个氨基酸密码子（81bp）。结核病分子生物学诊断主要包括DNA测序、DNA探针技术、基因芯片技术、DNA指纹图谱分析和聚合酶链反应（PCR）等。
综上所述，菌阴肺结核病诊断有如此多的手段，结合病史、体征，再有辩证唯物主义原理指导下的正确分析判断，使它休想逃过我们临床医生的“火眼金睛”。
