在乙肝抗病毒治疗中，减少肝硬化、肝癌和尽量避免患者终身服药是临床医生的两大追求目标。台湾学者进行的一项针对30~65岁男性慢乙肝患者的前瞻性研究显示，在平均随访8.5年后，“大三阳”（乙肝E抗原阳性）患者发生肝癌的几率要比“小三阳”（E抗原阴性，E抗体阳性）患者高6~7倍。实现由“大三阳”转变为“小三阳”叫E抗原血清学转换，这是慢乙肝患者治疗过程中的一个重要临床节点。通过规范的抗病毒治疗，部分患者可以实现E抗原血清学转换。
短期来说，E抗原血清学转换是抗病毒治疗的停药指征之一， 意味着乙肝病毒复制在很长时期受到抑制，病情处于静止状态。因此，国内外慢乙肝防治指南均将E抗原血清学转换作为抗病毒治疗的终点指标之一。另据研究显示，越早发生E抗原血清学转换，患者发生肝硬化、肝癌的风险越低。2007年发表在国际权威杂志《肝脏》上的一篇文章显示，40岁前实现E抗原血清学转换的患者肝硬化的发生率为5.2%，40岁后实现E抗原血清学转换的患者肝硬化的发生率为60.6%。
目前临床上使用的干扰素以及核苷类似物均有帮助患者实现E抗原血清学转换的可能。用干扰素进行治疗的患者，30%左右在使用一年以后可以出现血清学转换；连续使用两年以上，E抗原血清学转换率没有明显升高。且该药为注射用药，并有一定的不良反应。用核苷类似物的患者，以替比夫定为例，使用一年后，血清学转换率为25%；连续使用两年，E抗原血清学转换可以上升到40%~50%。同时核苷类似物为口服药，不良反应相对较小。
需要强调的是，在追求E抗原血清学转换时，必须注意优化治疗策略。优化治疗有许多关键点，比如合适治疗时机的选择。实践证明，转氨酶在80以上、病毒载量在109以下的患者经过治疗，E抗原血清学转换率较高。对于服用核苷类似物治疗的慢性乙肝患者，在治疗24周时，如果HBV DNA降到检测不出的范围，转氨酶降到正常，那么治疗两年后，有40%以上会出现E抗原的血清学转换。在没有失代偿且没有肝硬化发生的前提下，患者继续服药1年可停药。
此外需要指出的是，大约有10%的患者在不治疗的前提下，也可以出现自发的E抗原血清学转换。但其缺乏持久性，而且往往以反复的炎症损伤为代价。在区分“大三阳”与“小三阳”患者时还需要警惕特殊的“小三阳”患者，即E抗原阴性的慢性乙肝患者。这些患者尽管同样表现为“小三阳”，但其病毒载量却很高，年龄偏大且肝损害严重。对于这类患者同样需要积极治疗，而且治疗时间更长。
