NOTES概念自提出以来受到消化内镜医师和腹腔镜医师的广泛关注，成为微创技术领域研究和争论的焦点。它拓宽了腹部疾病治疗的手段和模式，是继腹腔镜技术后的又一次观念革新。
从NOTES腹腔入路角度来看，经阴道通路是目前NOTES临床应用最为广泛和成熟的，但仍存在诸多局限性，如只适用于女性人群，经阴道切口常出现小肠、直肠、膀胱和输尿管等阴道周围脏器损伤，可能有潜在的不育风险。另外，大部分经阴道NOTES是在腹腔镜辅助下完成的，至少需要在腹壁或脐部建立单个孔道以便建立气腹和内镜操作。经胃通路是临床上仅次于经阴道通路的最常选用的NOTES入路。早在NOTES概念提出之前，已经有经皮内镜胃造瘘术和胰腺假性囊肿引流术等经胃壁的手术操作。同样，大部分经胃NOTES手术并非单纯NOTES，而是在腹腔镜辅助下完成的。经结直肠NOTES主要因肠管闭合及肠道内容物污染等问题目前临床应用不多，其安全性和适应证仍需进一步评估。另外，目前经脐NOTES也在临床开展且效果较好，但因脐解剖结构的特殊性，狭义上说并非NOTES，而且经脐主要涉及单孔腹腔镜。
NOTES要真正像腹腔镜一样广泛应用到临床面临许多问题，如操作平台和器械的研发，切口的选择、切开和闭合，空间定位和操作习惯的改变，腹腔感染的预防，操作规范化和培训，以及人们对于NOTES认识和接受程度等。虽然临床上难度较大的外科术式，如肾切除术、胃部分切除术、乙状结肠切除术和脾切除术等也能通过NOTES方式完成，但并非完全基于消化内镜医师和软式内镜，多需要腹腔镜和外科医师的辅助。腹腔镜辅助可较好解决腹部脏器的空间定位问题，另一方面可以弥补软式内镜、器械自身的不足。未来有待开发具有较高硬度、较多大直径操作通道的软式内镜以便于NOTES操作。
