卵巢是卵子发育、成熟、排出的场所，而各个不同阶段的卵泡在卵巢皮质，若卵巢遭受到破坏，使卵子发育、成熟及排出受损，就会导致不孕。卵巢囊肿属于卵巢肿瘤的一种，其引起不孕的机制与干扰排卵功能有关。若囊肿较小，不影响卵巢排卵，就不会影响怀孕。若囊肿占据了整个卵巢，且分泌一些激素，影响到排卵，对怀孕就会有一定影响。
某些含有内分泌功能的卵巢囊肿，如卵巢甲状腺瘤、卵巢颗粒—卵泡膜细胞瘤、睾丸母细胞瘤等，可因其所含肿瘤组织成分不同而产生某些相应激素，从而干扰了卵巢激素的正常分泌和排卵，出现闭经，子宫出血，多毛和不孕等症状，进而影响女性自然受孕。
另外，巧克力囊肿对生育有一定程度的影响，不过临床上碰到少数巧克力囊肿病人，也怀孕了。根据病情，如果能够实施手术剔除卵巢囊肿，保留正常的卵巢，那么生育的机会还是很大的。做了手术以后，要注意另外一个问题，有可能产生盆腔粘连，可能会影响到输卵管，影响排卵影响怀孕。
需要注意的是，卵巢对于女性，特别是生育年龄的女性，至关重要，不是万不得已，不能轻易切除。传统的手术治疗方式是开腹手术，近年来发展起来的微创手术有腹腔镜手术、电子导航微电机介入技术，通过剔除囊肿而将卵巢组织保留下来，保留卵巢功能。
