食源性传染病 发生洪涝灾害后，大量的人畜粪便、垃圾、动物尸体等被冲入水中，使生物性污染骤增；另外，农田中残留的农药和工业地区的化学物质来不及转移和处理，造成化学性污染。这些均直接影响饮用水源的水质，导致肠道传染病及其他水传染病的流行。水灾后谷物霉变极快，救援物品也常因运输、保管不善而中途变质，但食品短缺迫使灾民使用腐败变质食品，往往造成食源性传染病流行。
鼠源性和虫媒性疾病 降雨及水灾过后，适于蚊虫产卵的水体增加，为蚊类的孳生提供了良好的条件，蚊子引起的虫媒传染病风险也随之上升。在水灾期，粪便垃圾不能及时处理或远运，禽畜尸体腐败，是蝇幼最适宜的孳生环境。成蝇密度猛增易引起肠道传染病的流行。另外，洪水改变了鼠类的生存环境，造成高地上鼠密度上升，与人群接触机会增多，导致了鼠源性和虫媒性疾病的蔓延。
自然疫源性传染病 灾后环境破坏严重，垃圾粪便无法处理，医疗保健系统受阻，药品器械短缺，不能及时进行疫情监测并进行有效防控，使自然疫源性传染病暴露和扩散，造成人间和兽间疫情风险。
