蜂蜜中的糖主要是果糖和葡萄糖。蜂蜜的血糖生成指数在32~85之间，该指数与果糖含量成反比，也就是说果糖含量高的蜂蜜具有低的血糖生成指数。例如，果糖含量最高的洋槐蜂蜜具有最低的血糖生成指数。由于大多数蜂蜜的血糖生成指数要比葡萄糖（100）和蔗糖（68）的血糖生成指数低，所以说蜂蜜是一种有利于健康的甜味剂。
蜂蜜还能抑制微生物的生长。蜂蜜抑制微生物的作用与蜂蜜的植物来源有关系。蜂蜜中的水分含量低也是抑制细菌生长的因素，而蜂蜜里葡萄糖氧化酶催化产生的过氧化氢也具有杀灭微生物的功能。不过，蜂蜜生成过氧化氢的能力是由蜂蜜中催化酶的活性决定的。
在储存的过程中，过氧化氢受到热和光照会发生分解，这会使蜂蜜的抗微生物活性降低。因此，为了保持蜂蜜的抗微生物活性，应当把蜂蜜放在避光的地方冷藏，要避免吃存放时间较长的蜂蜜。
蜂蜜中含有能促进一氧化氮释放的成分，而一氧化氮是一种能减少心血管病发病危险的物质。因此，服食蜂蜜有保护心血管的作用。在不同类型的蜂蜜里，促进一氧化氮分泌成分的含量是不同的。新鲜的和颜色深的蜂蜜要比存放时间长的颜色浅的蜂蜜含有促进一氧化氮释放的成分多一些。
蜂蜜还有利于婴儿的健康。婴儿对蜂蜜的耐受力要比对蔗糖的耐受力好，也不会出现消化方面的问题。与含蔗糖的牛奶相比，含蜂蜜的牛奶会使婴儿体重增加得更快，使血红蛋白的生成量增加，让皮肤的颜色更好。由于蜂蜜里的寡糖有利于双歧杆菌和乳酸杆菌的繁殖，因此蜂蜜具有促进肠道健康的功能。另外，根据国外学者的研究，在运动过程中，蜂蜜能明显加快心率。与服用葡萄糖相比，服用蜂蜜更有利于运动成绩的提高。
