北方的青枯病和南方的条纹叶枯病，是水稻育秧期的主要病害，我国北方现行保温湿润育秧和旱育秧，后期容易发生立枯病和青枯病。这两种病害都是由弱寄生真菌引起的。所谓弱寄生就是说病菌只能侵染长势比较弱的植株。那么，培育壮秧就成了防治青枯病和立枯病的关键。培育健壮秧苗首先床土要选有机质丰富的土壤，尤其是旱田土壤，增施腐熟的有机肥和磷肥，还要适当调酸。水稻原产热带，怕低温，今年持续低温不利于根系生长，气温迅速上升可能会使叶面蒸腾超出根系吸水能力，需要注意逐步炼苗和补水。
药剂防病可以使用恶霉灵和敌磺钠（敌克松），可以拌种，也可以土壤消毒处理。恶霉灵可种子干拌或湿拌，每公斤种子用30%的水剂3.3克。30%的药剂稀释1000倍，可以在播种前浇透几厘米厚的床土，进行土壤消毒，也可以在病害发生初期喷洒，可兼治恶苗病。
南方水稻育秧需要注意防治灰飞虱传播的水稻条纹叶枯病。在一些地区，水稻秧田期是灰飞虱迁入和传毒的高峰期，也是水稻的最易感染期。如果水稻在秧田期受到侵染，就可能停止生长，明显矮缩，不抽穗，损失就十分严重。由于条纹叶枯病经常在移栽以后爆发成灾，广大农户一向不重视秧田期的防治工作。其实这种病是在秧田期侵染，插秧后才表现出来的。在条纹叶枯病常发区秧田期用药防治灰飞虱是防治水稻条纹叶枯病的重要措施。可以选用吡虫啉、氟虫腈（锐劲特）、异丙威等药剂。也建议农民朋友交替使用以上药剂，以防止产生抗性
