传染病虫害 粪便中含有大肠菌、线虫等病菌和害虫，直接使用导致病虫害的传播、作物发病，对食用农产品的人的身体健康也会产生影响；未腐熟有机物质在土壤中发酵时，容易滋生病菌与虫害，导 致植物病虫害的发生。
发酵烧苗 不发酵的生粪施到地里后，当发酵条件具备时，在微生物的活动下，生粪发酵；当发酵部位距根较近或作物植株较小时，发酵产生的热量会影响作物生长，严重时会导致植株死亡。
毒气危害 在分解过程中产生甲烷、氨等有害气体，使土壤和作物产生酸害和根系损伤。
土壤缺氧 有机物质在分解过程中消耗土壤中的氧气，使土壤暂时性地处于缺氧状态，在这种缺氧状态下，会使作物生长受抑制。
肥效缓慢 未发酵腐熟的有机肥料中养分多为有机态或缓效态，不能被作物直接吸收利用，只有分解转化成速效态才能被作物吸收利用。所以，未发酵直接施用会使肥效减慢。
一般出现这种肥害中毒时间过长、危害过重及植株严重萎蔫死苗的情况，就没有办法解决了，只能在田土中让生粪自然发酵后，再重新改种。如果危害轻，发现及时，可立即采取排出生粪尿水，再 用清洁水冲灌两三次，减少生粪尿水在田土中的残留，稀释浓度，排除部分已产生的毒气，可减轻危害。
特别要注意：严禁生粪尿水直接下地！必须腐熟后再施用，且施入的浓度也不要过高，禽畜粪肥要发酵后，最好与化肥混合使用。旱土施肥要距作物根系10厘米左右，并要深施覆土，以防止烧苗。土 壤干旱追肥要适当灌水，降低浓度避免烧苗减产。
