方正银鲫是一种耐低温和耐低氧的鱼类。因此其越冬保种比较简单，也较容易。
并池越冬保种
长江以南地区习惯秋季（10月前后）并池越冬。目的一是商品鱼出池上市；二是池塘清整改造。这时可以结合商品鱼上市和井塘出池的时机，按亲鱼标准挑选合格亲鱼，以每亩500尾～1000尾进行专池过冬，池水水位保持在1.5米以上，以利于翌年春季繁殖时使用。专池越冬在水温合适的时间还可以投喂（一般银鲫在水温10℃左右还可摄食），促进性腺进一步发育；同时，要加强管理。
鱼类安全越冬的措施
（1）越冬池清塘、消毒。放鱼前10天～15天，将池水尽量排干，晾晒3天～7天，每亩用生石灰50千克～75千克全池泼洒。一些地区用原塘水越冬的，应将原塘水排出2/3～1/2，然后泼洒生石灰水（水深1米左右，每亩用15千克～25千克）和漂白粉（使池水成有效氯1毫克/升浓度）杀菌消毒。1天～2天后，最好再用晶体敌百虫全池遍洒，使池水浓度为1毫克～2毫克/升，以除有害（浮游动物）防病。
（2）注水和补水。越冬池要尽量使用井水或库水、不污染的河水，封冻前加深到最大深度，这时池水应保持清瘦，透明度在80厘米以上。越冬期封冻以后，也要经常注水，通过注水调节水的肥度和保持水面不塌，至少每周注水1次～2次。
（3）控制浮游动物。越冬期间常发生轮虫、剑水蚤的大量采殖，摄食浮游植物，使池水浮游植物数量过少，水中溶氧下降，这时要用晶体敌百虫全池泼洒（用水泵循环池水，同时泼洒），使池水浓度为1毫克/升。
（4）防治鱼病。在越冬期中，鱼病也时有发生，要及时根据鱼病种类，及时治病，如采用挂袋、全池泼洒等方法。但越冬期间的鱼病，主要发生在解冻后，可出现大批死亡，这时应及时捕出，进行鱼体消毒后再放入培育池中培育，并继续治疗。
