合理储藏饲料，不仅可以延长储藏时间，更重要的是可以使饲料避免霉烂变质及营养成分损失，有效提高饲料使用价值和经济效益。
1.防潮。饲料中淀粉、蛋白含量高，容易吸湿返潮。米糠中淀粉含量为37.5%～39%，蛋白质含量为15%～17%；饼粕中蛋白质含量为30%～50%，这类饲料具有较强的吸湿能力。而粮油副产品结构疏松，也使其吸湿性增强。在饱和状态时，麸皮的平衡水分可达38%～40%，而禾谷类粮食一般仅为20%。饼粕水分含量虽在5%～10%，但在储藏期间外层易吸湿生霉。
配合饲料中含有大量的淀粉和蛋白质，特别是饲料中的动物蛋白质(鱼粉、骨粉、肉粉、血粉、蚕蛹粉等)原料，吸湿性都很强。储藏时应注意防湿。在常温仓房内储存饲料，一般要求相对湿度在70%以下，饲料的水分含量不应超过12.5%；如果把环境温度控制在15℃以下，相对湿度在80%以下，长期储藏也是有可能的。
2.防霉。饲料在储存、运输、销售和使用过程中，极易发生霉变。霉菌不仅消耗、分解饲料中的营养物质，使饲料质量下降、报酬降低，而且畜禽食用后会引起腹泻、肠炎而出现消化能力降低、淋巴功能下降等症状，严重的可造成死亡。除了改善储藏环境以外，还可采取物理或化学手段防霉治菌。
添加防霉剂：国内使用的防霉剂较为普遍的是苯甲酸及其钠盐(使用及量不超过0.1%)、富马酸及其酯类(一般使用量在0.2%左右)、丙酸及其盐类、脱氢乙酸(使用量为0.05%左右)。还有将上述防霉剂按一定比例混合而成的复合型防霉剂。在饲料中使用防霉剂要注意剂量，剂量过高不仅会影响饲料原有的味道和适口性(一般乙酸、丙酸等有机酸类挥发性较大，容易影响饲料适口性，选用其盐类或酯类效果可能较好)，还会引起动物急、慢性中毒和药物残留，应根据环境和饲料水分含量等实际情况灵活使用，例如，秋冬干燥凉爽季节，饲料水分11%以下，一般无需使用防霉剂，水分12%以上就应使用防霉剂；如果饲料含水较高，且逢高温高湿季节，适当加大防霉剂用量。
自制防霉剂：大蒜剥去外皮，放入消毒过的研钵，再加入同样重量的凉开水，研磨成细浆，经3层消毒细布过滤，其滤液便是优良的饲料防霉剂；苍术、艾蒿叶、除虫菊等药用植物晒干，研成粉末，具有抑制霉菌繁殖的作用。
3.防酸败。脂肪被分解后，酸价增高，质量变差。饲料中脂肪含量高时，容易酸败。例如，米糠脂肪含量一般在17%～18%。米糠脂肪中含有相当数量的解脂酶，在酶的作用下，脂肪易被分解。
饲料中脂类物质的种类、含量以及脂类本身的不饱和程度与饲料酸败有关。油脂的不饱和程度越高，精炼程度越低，则越容易产生氧化酸败。而配合饲料经过制粒或氢化可有效降低饲料氧化酸败的可能性。
饲料中添加维生素A、维生素E和维生素C能有效地保护脂肪免受氧化；添加抗氧化剂可有效阻止脂类氧化酸败；定期清洗油罐和混合仓，防止微生物的孳生及饲料在仓壁上的长期存留。
注意原料的仓储时间。豆粕、棉粕、玉米蛋白粉等原料，夏季的仓储时间不超过2个月，冬季不超过3个月。而麸皮、米油糠等原料，夏季仓储时间控制在15天以内，冬季2个月以内。石粉、氢钙等比较稳定的原料仓储时间可长些，控制在1年以内。
4.防虫害。营养外露，易生虫害。饲料原料经机械粉碎后，失去了皮层保护，营养物质外露。在适宜温度下，害虫大量繁殖，消耗饲料和氧气，产生二氧化碳和水，同时放出热量，产生的水气凝集于配合饲料表层，而使其结块、生霉，导致严重变质，如果温度过高，也可能导致自燃。一般蛾类吃饲料的表面，甲虫类则吃整个饲料。鼠类啮吃饲料，破坏仓房，传染病菌，污染饲料。为避免虫害和鼠害，在贮藏饲料前，应彻底清扫仓库内壁、夹缝及死角，堵塞墙角漏洞，并进行密封熏蒸处理。
