黄羽肉鸡对环境的适应性比白羽肉鸡强，所以健康状况相对较好，疾病的发生频率也相对较少，但随着黄羽肉鸡的不断扩大，育种方向或品种对生产性能要求越来越高，鸡群生长速度快，使得其他指标主要是对疾病的抵抗力方面有一定的影响，尤其是饲养者的观念不及时改变时，或认为黄羽肉鸡的抗病力会持续保持在高水平时，会出现很多看似简单的问题，这些问题都是不容忽视的。
1 免疫问题
因为黄羽肉鸡相对的养殖时间较长，所以应增加一些免疫项目。如马立克氏病和禽流感，对于马立克氏病，由于该病的易发期多在2月龄以后，所以建议优质黄羽肉鸡在出壳后及时接种马立克疫苗。禽流感现在蛋鸡和白羽肉鸡问题较多，但为减少危险性，建议将其列在免疫程序之中，其他免疫项目根据地区发病特点，可以综合考虑。此外，还要搞好隔离、卫生消毒工作。根据本地区疾病流行的特点，采取正确的方法进行有效的免疫及监测，做好疫病防治工作。
免疫程序一定要根据当地的情况制定，推荐参考程序如下：
日龄 疫苗 接种方式
7日龄 新支二联 滴鼻点眼
12日龄 法氏囊 饮水
18日龄 新支二联 饮水
24-26日龄 法氏囊 D-78饮水
35-40日龄 新城疫I系 注射
40日龄 禽流感H5、H9注射
2 常见病的控制
目前黄羽肉鸡普遍出现的疾病是腹泻问题。此问题可能是球虫病或梭菌性肠炎及大肠杆菌病造成的腹泻。其中最多出现的是球虫病。因为黄羽肉鸡大多是散养，放牧在山坡上，自由采食，如果环境不干净则出现腹泻是在预料中的事情。球虫和梭菌都是条件性病原，尤其是在多雨潮湿或温度较低时，放养很容易造成腹泻现象，所以鸡群放牧的山坡也要定期消毒，控制球虫病的有效方法是定期预防投药，同时注意所选药物的交叉使用，避免抗药性的产生。
为更好地控制好疾病，必须实行"全进全出"制管理。鸡群出场后还要彻底清扫、冲洗、消毒，然后空舍一月以上，再接养下一批雏鸡。坚决杜绝体重小的鸡合并在一起饲养的做法，否则鸡场或鸡舍内存在不同日龄鸡群的交叉感染机会，鸡群的安全生产没有了保障，一旦发病是很严重的。同时做好消毒工作，要对鸡舍及舍内设备进行彻底的消毒；人员、车辆进出均应消毒；每周至少1次带鸡消毒，定期清理消毒鸡舍周围的环境，加强垫料管理，保持垫料干燥、无霉变。
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