要解决畜禽养殖业对环境的危害，应针对畜禽粪尿的特性，遵循综合利用优先、资源化、无害化和减量化的原则，充分开发利用废弃物，开拓一条资源开发和废弃物处置相结合的道路。
一、改善饮水方式和粪便收集方式
采取清污分流和粪尿干湿分离等措施，实现清洁养殖，可减少地下水的开采，改善畜禽养殖场的生产环境，降低畜禽死淘率。同时可以减少对地表和地下水的污染，提高水资源的重复利用率。养殖场还应给畜禽限定用水额度，尽量节省资源。修建粪便收集池，定点收集垃圾；设置畜禽废渣的储存设施和场所，采取对储存场所地面进行水泥硬化等措施，防止畜禽废渣渗漏、散落、溢流等对周围环境造成污染。采用雨污分流、固液分离等污染防治措施，达到减量化的要求，做到达标排放或零排放。
二、开发废弃物利用技术
畜禽养殖业污染严重，治理工程利润低，风险大，不能像工业污水、生活污水一样，走单纯治理的路子。畜禽粪便是放错了地方的宝贵资源，畜禽粪尿含有丰富的营养成分，经综合处理后，可制成优质、高效的有机肥料，而且还可经厌氧发酵成沼气，因此，资源化利用是治理畜禽污染的首要原则。畜禽养殖场应采取将畜禽废渣还田、生产沼气、制造有机肥料和制造再生饲料等方法进行综合利用。
1.高温堆肥
粪尿厌氧发酵处理后，气体部分可提供能量，固体部分进行高温堆肥。许多有先见之明的养殖场已经走在前面，把畜禽粪便经过处理后卖给农户当肥科，取得了可观的经济效益。当前国内的堆肥发酵技术、粪肥还田实用技术等已经成熟，有的还超过国外。把污染物通过无害化处理，加工生产有机肥，这正是目前我国农业发展的大方向。通过对粪便高温烘干灭菌及高压膨化除臬，添加氮、磷、钾及多种元素，制成适合小麦、玉米、蔬菜、瓜果和花卉等高效有机肥。
2.沼气发酵
防治畜禽养殖废弃物污染的重要手段之一就是沼气综合利用。利用沼气对畜禽粪便进行厌氧发酵，发酵产生的沼气成为廉价的燃料，用于燃料、仔猪舍保温等；沼渣、沼液则成了优质肥料，既保护了环境，又提高了经济效益。实践与研究证明，猪、鸡粪厌氧发酵能使寄生虫卵灭活，减轻土壤污染与水污染，将沼渣与无机肥制成复合肥，能增加土壤有机质、土壤全氮含量及碱解氮、速效磷及土壤酶活性，使作物病害较少，降低农药使用量。沼液含有17种氨基酸、多种活性酶及微量元素，可作为畜禽饲料添加剂。
3.畜禽废水的终端人工处理
因地制宜采用一些净化系统，如稳定塘、养鱼塘、水生生物塘及土地处理系统等措施，是非常经济可行的。
低投入、高产出是养殖业竞争的关键点，如果忽视了对环境污染的设计处理，以牺牲环境为代价来换取一点经济效益，造成的损失是无法估量的。因此，必须高度重视畜禽养殖造成的环境污染，遵循减量化、资源化和无害化原则，将社会、环境、经济效益三者有机地结合起来，千方百计化害为利、变废为宝，使畜禽养殖业产生的污染减轻到最低限度，创造出高经济效益和最低限度环境污染的畜牧养殖体系。
