马铃薯的贮藏与禾谷类作物的贮藏相比，具有较大的不同和特殊性。由于收获的块茎一般含有75%左右的水分，在贮藏过程中极易遭受病菌的侵染而腐烂，对温度等环境条件的要求比禾谷类作物要严格得多。因此，在贮藏期间应采取科学的管理方法，以减少马铃薯的损耗和实现安全贮藏。
1、温度马铃薯在贮藏期间与温度的关系最为密切，种薯贮藏一般要求较低的温度条件，才可以保证种用品质，使田间生育健壮和取得较高的产量。对于高寒区永久砖窖，贮藏初期的10～11月份，马铃薯正处在后熟期，呼吸旺盛，分解出较多的二氧化碳、水分和热量，容易出现高温高湿，这时应以降温散热、通风换气为主，最适温度4℃；贮藏中期的12月份至次年2月份，正是气温处于严寒低温季节，薯块已进入完全休眠状态，易受冻害，这一阶段应是防冻保暖，温度控制在1～3℃；贮藏末期3～4月份，气温转暖，窖温升高，种薯开始萌芽，这时应注意通风，温度控制在4℃。
2、湿度当贮藏温度1～3℃时，湿度最好控制在85%～90%，湿度变化的安全范围为80%～93%，在这样的湿度范围内，块茎失水不多，不会造成萎蔫，同时也不会因湿度过大而造成块茎的腐烂。
3、空气马铃薯块茎贮藏窖内，必须保证有流通的清洁空气，以减少窖内的二氧化碳。如果通风不良；窖内积聚太多的二氧化碳，会妨碍块茎的正常呼吸。通风又可以调节贮藏窖内的温度和湿度，把外面清洁而新鲜的空气通入窖内，而把同体积的二氧化碳等排出窖外。
4、堆放方法马铃薯种薯在窖内的堆放方法有堆积黑暗贮藏、薄摊散光贮藏、架藏、箱藏等。以前我们主要采用堆放和筐内贮藏，这些方法容易使马铃薯伤热发芽，损失率高达20%。自1998年开始，改用尼龙丝网袋装马铃薯种薯，堆放在窖内，50公斤/袋，6袋/垛，3排/堆，为便于通风，10排空1排。在贮藏期间不用倒窖，块茎损失率仅为5%。而堆放至少要倒2次窖，按5万公斤计算，就可以节省100个工。
5、管理方法，马铃薯种薯在入窖前，要将窖内清理干净，用石灰水消毒地面和墙壁。对于种薯要严格选除烂薯、病薯和伤薯，将泥土清理干净，堆放避光通风处，霜冻前装袋入窖。入窖后用高锰酸钾和平醛溶液熏蒸消毒杀菌（120平方米用500克高锰酸钾对700克甲醛溶液），每月熏蒸1次；防止块茎腐烂和病害的蔓延。并且每隔7天使用甲酚皂溶液将过道消毒1次，以防止交叉感染。另外种薯贮藏期，老鼠的危害也不容忽视，被老鼠咬伤的种薯易腐烂而且影响出苗，用北京消杀药剂厂生产的红色药水效果更好。总之，马铃薯种薯贮藏期间，实行科学的管理方法，严格控制窖内的温度、湿度和通风条件，确保马铃薯的种用品质，降低贮藏期间的自然损耗，为马铃薯生产提供合格的种薯。
