防污染：种子贮藏前要彻底清除其中的作物茎、叶、杂草、砂子、土粒等杂物，并对贮藏室以及贮藏用具进行严格的消毒，以免种子在贮藏过程中受到污染。
防霉变：防霉变关键是要控制好种子本身所含的水分。禾谷类作物种子含水量为12－13％，油料作物种子为８－９％。若含水量过高，则易发生霉变，尤其是花生、大豆、玉米等含油脂和淀粉较多的作物种子，更应注意。
防高温：温度过高，种子呼吸作用旺盛，会过多消耗自身贮存的营养，降低发芽率。因此，要求贮藏种子的环境温度最好在10℃左右，切忌把种子放在离火炉较近的地方。 防潮湿：种子袋不宜直接放在地面上，否则会受潮而降低发芽率。应用砖石或木板将种子口袋垫高50厘米以上。贮藏室要注意通风换气。
防窒息：种子不能用塑料袋贮存，因塑料袋不透气，种子在袋内被迫进行无氧呼吸，产生酒精和有机酸等有毒物质，杀死种胚，使种子失去发芽能力，同时还引起霉变。
防腐蚀：种子不能与农药、化肥等同室存放，因许多农药和化肥具有较强的挥发性，挥发出的气体对种子细胞和种胚危害极大。如氨水与种子同贮，其挥发出的氨气先被种子吸附在表层，以后逐渐渗透到种子细胞内，在很短的时间内，就会使种子变成灰暗色而死亡。
防烟熏：种子较长时间受到烟气熏蒸，会降低种子的活性，削弱发芽率。因此，烟气（尤其是煤烟气、柴草烟气）较大的房间（如厨房）不能存放种子，贮藏室也不宜靠近厨房。
防混杂：不少作物种子与一般食用粮食不易区分，稍不注意就会造成种粮混杂，很容易将种子当粮食吃掉，会造成很大的浪费；也很容易把粮食当种子播种，则会引起严重减产。
防虫鼠：害虫、老鼠不仅直接吃掉种子，而且还会污染种子，使种子变质，发芽率降低。因此，要采取相应的措施消灭害虫和老鼠。
