贮藏库消毒：无论是新建库或利用原有旧库（窖）贮藏甘薯，除进行及时维修彻底清扫外，还要用生石灰或硫磺熏蒸消毒，以消灭潜伏在库（窖）内的病菌。
入窖后至20天左右为甘薯贮藏前期，外界气温高，且刚收获的种薯呼吸作用强，窖温容易升高，并能导致病害蔓延发展。可打开门窗和通气孔进行降温散湿，待窖温降至13～15℃时关闭门窗，调节通气孔，防 窖温急剧下降。
入窖20天后至第二年2月上旬为贮藏中期，这一段经历时间较长，气温较低，且薯块呼吸作用减弱，产生热量少，容易受到冻害的威胁，故此期应以保温防寒为中心。
2月中旬立春以后，气温、地温回升快，但经过长期贮藏的种薯生理机能差，极易受甘薯软腐病的危害，管理上应以稳定窖温、适当通风换气为主，保持窖温在11～13℃的范围内。
