在日本对虾育苗过程的主要疾病有：
（1）细菌性疾病
病原有两类，一类是孤菌，另一类是单胞肝菌和气单胞肝菌。
病状：幼体活力明显下降，游泳不活泼，趋光性弱，腹部弓起，在水中打旋，不摄食，体色变白、久之则死亡。
预防：彻底清池，对用水严格消毒过滤，合理投饵，合理密度。
治疗：
（1）全池泼洒3-5ppm土霉素或2-3ppm氯霉素，一天一次，连泼3天。
（2）在幼饵中（如豆浆、蛋黄）中加1g/kg土霉素或氯霉素投喂，连喂三天。
（3）用2-3ppm磺胺异噻唑或磺胺噻唑全池泼洒；也可用0.5-1.5ppm呋喃西林、呋喃唑酮、呋喃内斯等全池泼洒，连泼三天。
2）真菌病
病源：真菌（霉菌），主要有链壶菌、离壶菌、海壶菌三种。
病状：致病的卵子及幼体内充满菌丝，卵子停止发育，很快死亡。幼体不活泼，趋光性减弱，不摄食，下沉死亡。
治疗：
（1）全池泼洒0.006×10-6-0.01×10-6孔雀保，一般一次即可。
（2）制霉菌素8×10-6-10×10-6全池泼洒，连续1-2次。
（3）全池泼洒0.01×10-6氟乐灵。
3）缘毛类纤毛虫病
病原：原生虫物缘毛类纤毛虫，主要有钟虫、聚缩虫、单缩虫、累枝虫等。
病状：游泳迟缓，妨碍摄食，生长减慢，蜕不下壳，最终下沉死亡。
防治：早期发现时，迅速更换新水。
4）丝状细菌病
病原：以毛霉容发菌为多见。
病状：该菌附着后，使卵子不能继续发育，幼体活力减弱沉底而死亡。
防治：应保持水质清净。
此外育苗期间的病害还很多，诸如，畸形病（刺毛萎缩病），气泡病、中肠腺坏死病以及中国对虾杆状病毒病等等。目前一些病毒尚无良好的治疗方法，关键是要注意水质，饵料条件的改善，以预防为主。
