饼肥一般要经过发酵后才能施用。因为饼肥中所含的植物营养元素都是有机态的，植物不宜直接吸收；饼肥中含有一定量的油脂，分解迟缓，且减少土壤水分的含量，不利于植物对营养的吸收；饼肥发酵分解时产生的酸性物质对种子发芽和幼根发育有防碍作用；饼肥在发酵分解过程中能产生高温，属热性肥料，如施用不当，会引起烧根或影响种子发芽。含油脂较多的饼肥，必须发酵之后才能施用；有些饼肥如豆饼，碳氮比小，腐熟较快，可以直接施用；对作物影响不大。
饼肥发酵：将饼肥放入蒸锅里蒸，充分吸收水汽和热量，然后将饼肥装入密封的缸内，冬天4个月，夏天2个月，自然发酵，开封后倒出晾干备用；或者直接将饼肥捣碎，将其与堆肥、厩肥共同堆积2-3周；或将腐熟的人畜粪尿加入碎饼肥中，共同沤制2-3周。
