小南瓜的病害以白粉病和病毒病为主，其中白粉病的危害最大。虫害主要有蚜虫、潜叶蝇和螨类等。
（1）病毒病防治
①选用抗病力高的品种。
②种子处理，使用“澳洛珈”海藻精500倍液或按种子与“海状元”海藻微生物菌肥1∶10比例进行拌种。
③定期喷施“海状元818”植物卫士800倍液＋“海状元818”稀土钙800倍液，以钝化毒源，减轻发病。
④加强蚜虫和甲虫的防治，以减少虫媒传毒。
⑤发病初期及时清除、烧毁病株，用“海状元818”菌毒煞500倍液＋“海状元818”稀土钙600倍液＋“海状元818”花果丰800倍液，3-4天一次，连喷2-3次。
（2）白粉病防治
白粉病的发生与施氮水平有一定的相关性，因此，要增施有机肥，合理搭配使用N、P、K无机肥，在封行后，尤其是中后期和开春气温回升后，更应注意防止重施氮肥。
发病初期，可用“海状元818”植 物卫士800倍液＋15%粉锈宁(三唑酮)可湿性粉剂1500倍液或45%超微粒硫磺胶悬液150-300倍液或73%特速唑可湿性粉剂1000-1500倍液交替喷施。
喷药时要叶面叶背一起喷，才能把病菌杀死；大水量喷，该病菌遇水或湿度饱和时，易吸水破裂而死亡；持续用药，白粉病的药剂防治要持续进行，充分杀死残留的菌丝体及分生孢子，防止再流行，一 般第一次喷药后每隔4-5天喷一次，连续喷2-3次。
（3）虫害防治
蚜虫、蓟马用蚍虫啉类杀虫剂防治；美洲斑潜蝇、螨类用阿维菌素类生物农药进行防治。
