当前在蔬菜等农作物的无公害生产中，微生物农药越来越受到广大种植户的重视，比如用枯草芽孢杆菌防治蔬菜白粉病，用白僵菌防治白粉虱、烟粉虱、金龟子、蛴螬等多种害虫。但调查发现，农户在使用微生物农药过程中还存在一些误区，使其药效没有很好地发挥。
一、在温度过低条件下使用
使用微生物农药时一般要求应具有较高的环境温度。有些农户在使用微生物活体农药时，忽视环境因素的影响，不注意选择气温较高的天气条件下使用，防治效果不佳。试验表明，在25℃-30℃的环境中，喷施后的防治效果要比在10℃-15℃的环境中高出1-2倍。
二、在干燥天气条件下使用
在干燥的天气下使用，如晴天上午10点钟到下午4点钟前等高温干燥的天气条件下施用效果不佳，这主要是因为环境湿度不够所致。如真菌杀虫剂中的白僵菌，制剂主要含白僵活孢子，使用后通过直接接触虫体，或被害虫吃入消化道，在相对湿度60%之上的条件下孢子才能萌发，在虫体内繁殖，产生白僵菌素等，导致害虫缓慢死亡。因此，最好选择阴天、雨后或早晨等湿度大时喷施。
三、使用后遭大雨冲刷
微生物芽孢最怕大雨冲刷，因为大雨会将喷施的菌液冲刷掉。但如果喷施5-6小时后遭到小雨，不但不会降低药效，反而可提高防治效果，因为小雨对芽孢发芽大为有利，害虫一旦食后会加速死亡。所以在使用微生物农药前一定要注意听天气预报。
四、与杀菌剂混用
如块状耳霉菌，作为一种真菌杀虫剂，药效是通过块状耳霉菌的活孢子作用来实现的。施后活孢子侵染蚜虫并致死，可持续传染，引起群体大量死亡。但作为一种活体真菌，如果与杀菌剂混用，它们会被杀菌剂杀死，失去杀虫效果。
