由于秋季雨水多，湿差大，很多地方种植的柠檬树都感染了溃疡病，有的还非常严重，不仅枝条和叶片上、甚至果实上都布满了溃疡状物。为了减轻溃疡病的危害，保证枝叶安全越冬，并减少明年的发生和为害，柠檬树采果后必须要及时进行清园，清除病枝、病叶、病果，杀灭病菌。
柠檬树采果后，及时清理果园内的各种杂草、枯枝和落叶落果，同时剪除树冠内部的纤弱枝和树冠外部的干枯枝、病虫枝、重叠枝、过密枝、下垂枝，短截采果枝、落花落果枝、采果时损伤的枝条和徒长枝、疯长枝，并集中深埋或烧毁，对于受溃疡病危害出现溃疡状物的枝条用护树大将军母液刷病灶部位，然后树冠内外喷洒一次护树大将军，相隔15~20天后，在树冠内外再喷洒一次护树大将军，均匀喷洒树冠内外所有的枝叶。喷药后四小时内遇雨水冲刷，应重新补喷一次，以提高防治效果，可减轻第二年溃疡病的发生率。
