食用菌生产过程中，制种是关健的一环。而在菌种的制作过程中，操作不当，消毒不彻底等原因会导致杂菌的侵入，污染菌种，使食用菌商品率下降，郊益下降。下面就食用菌生产常见的杂菌及防治措施介绍如下。
一、青霉菌
是最常见的一杂菌。污染后在培养基上呈现小而单独的绿色粉末状霉斑。该菌分布极广，靠空气中的分生孢子附着在未经彻底消毒而潮湿的材料上传播。
防治措施
（1）培养料要严格消毒。（2）接种时要严格掌握无菌操作技术。（3）加强通风、降温、降湿。（4）局部污染可用5%～10%石灰水冲洗。
二、木霉菌
主要是绿色木霉或康氏木霉。依靠产生于腐烂的木材、种子、植物残体、堆肥土壤等有机质培养料中和浮游在空气中的孢子进行传播。该菌喜酸性，温度达25～30℃,空气相对湿度80%～90%时容易发生，能在3～5天内由点片发展到整个料面。木霉常与青霉混生，二者菌丝颜色相似，不同处是青霉由白向绿或淡黄色转变，而木霉菌丝开始为白色，产生绿色孢子后变成绿色或铜绿色，并逐渐加深。木霉菌的纤维素酶活性强，能分解纤维素，主要发生于室内锯木屑等木质素纤维丰富的培基中。因其生长迅速，除与食用菌争夺营养外，还分泌毒素，所以常与食用菌丝体间形成对峙的“岛屿状”“拮抗线”抑制食用菌菌丝的生长。
防治措施
（1）培养料严格消毒，彻底消灭培养料中的菌丝及孢子；做好无菌操作，加强通风、降温。（2）消毒时甲醛用量不宜过多，防止造成酸性环境。（3）培养基上有木霉时，及时局部涂75%酒精、15%漂白粉液，50%多菌灵200倍液，喷1%～5%的石灰水或撒白灰粉再行挖除，后用石灰水涂抹。处理时最好将菌种袋（瓶）搬到室外，防止孢子飞散。出现木霉后，严禁任意打开瓶盖或揭开薄膜，避免蔓延。利用塑料袋制种时，培养期间不宜过多的移动。（4）及时揭除未萌发的菌种块。（5）菌种瓶及菌种袋的棉塞不能受潮，培养室保持干燥清洁。（6）母种要纯正。（7）拌料时每公斤干料加入25%(或5%)的多菌灵2克或75%的甲托1克。
三、毛霉、要霉和曲霉
毛霉又名长毛菌，主要发生室内栽培菇（耳）的初期培养基上和菌种上。菌丝初期呈白色或灰白色，后转为淡黄色。菌丝稀疏、粗壮，一根根看得清楚。培养料含水量愈大，发生愈重。分解淀粉能力强，生长甚快。在料面上交错生长，形成疏松的针状长毛，约经3天，可覆盖整个料面，隔绝氧气，争夺养料、水分、并分泌毒素，影响食用菌菌丝的生长。40小时左右后，能产生大量黑色孢子。根霉与毛霉相似，唯在培养料中无明显菌丝，仅平贴基物表面葡萄生长，无气生菌丝。曲霉在培养料含水量偏低，温度又高时容易发生。菌丝初期为白色棉絮状，后转为黄色，温度达27℃以上时产生大量孢子，因菌种不同，而有黑、黄绿、橘黄和橘红等颜色，扩散极快。毛霉、根霉和曲霉分布很广，土壤、肥料、空气中都有孢子。
防治措施
（1）彻底消毒、灭菌，搞好无菌操作。（2）拌料时每公斤干料加入25%（或50%）的多菌灵2克，或75%的甲基托布津1克。
四、链孢霉菌
又叫好嗜脉孢霉菌，各级菌种生产过程中都能危害。特别是当气温高，湿度大进容易发生。该菌在自然中分布很广泛，各种有机质，如玉米芯、玉米、棉籽壳、废棉等容易发生。到处都有它的分生孢子飘浮。当其沉降到有机物表面后，很快萌发现菌丝。菌丝蔓延很快，初呈灰白或黄色，纤细，向下迅速生长，并长到棉塞上。在棉塞外，形成大量淡红色呈粉状的分生孢子，堆积成成团，厚度达1厘米许，故又称红粉菌。稍受震动，孢子便散放到空气中，到处传播。
防治措施
（1）搞好环境卫生，废培养料要深理。（2）培养料彻底灭菌，棉塞不可受潮，受潮后及时更换。菌种瓶（袋）要无破损。（3）接种室要彻底消毒，严格遵守无菌操作规程。（4）地面撒石灰，必要时瓶口棉塞上也撤石灰，保持干燥。（5）发现后及进剔除、烧毁，并用75%可湿必托布津500倍液喷洒，或每立方米空间用10毫升甲醛熏蒸。
