钙不足时首先植物的幼嫩器官受到影响，一般表现为生长点受损，严重时生长点坏死，呈“断脖”症状。根尖和顶芽生长停滞。幼根畸形，根系萎缩，根尖坏死，根毛畸变，有的呈鳞片状，根量少。
幼叶失绿、变形，常出现弯钩状，叶片皱缩，叶尖扭曲，叶缘卷曲、黄化。严重时新叶抽出困难，甚至互相粘连，或叶缘呈不规则齿状开裂，并出现坏死斑点。斑点部分由于细胞壁崩坏溶解等，呈半透明状。细胞间隙还出现棕色物质积累，甚至渗出体外。严重缺钙时生长点坏死。根系中的钙的下移也有限，缺钙时根部常常变黑腐烂。
钙形成细胞壁的组分化合物，大部分钙与多果胶酸结合形成果酸钙，固定在细胞壁中，加固植物结构。一般认为钙为非活动元素，韧皮部中极少有钙移动。所以缺钙症状出现在幼叶和其它幼嫩组织上，果酸钙是细胞间层的组分之一，新组织需要果胶酸钙形成细胞壁，所以缺钙造成叶尖和生长点呈果胶状。
禾谷类作物缺钙幼叶卷曲、干枯，功能叶的叶间及叶缘黄萎。植株未老先衰。结实少，秕粒多。小麦根尖分泌球状的透明粘液。玉米叶缘出现白色斑纹，常出现锯齿状不规则横向开裂，顶部叶片卷筒下弯呈“弓”状，相邻叶片常粘连，不能正常伸展。
豆科作物缺钙新叶不伸展，老叶出现灰白色斑点。叶脉棕色，叶柄柔软下垂。大豆根暗褐色、脆弱，呈粘稠状，叶柄与叶片交接处呈暗褐色，严重时茎顶卷曲呈钩状枯死。花生在老叶反面出现斑痕，随后叶片正反面均发生棕色枯死斑块，空荚多。蚕豆荚畸形、萎缩并变黑。豌豆幼叶及花梗枯萎，卷须萎缩。
烟草缺钙植株矮化，色深绿，严重时顶芽死亡，下部叶片增厚，出现红棕色枯死斑点，甚至顶部枯死，雌蕊显著突出。
棉花缺钙生长点受抑，呈弯钩状。严重时上部叶片及部分老叶叶柄下垂并溃烂。
马铃薯缺钙根部易坏死，块茎小，有畸形成串小块茎，块茎表面及内部维管束细胞常坏死。
多种蔬菜因缺钙发生腐烂病，如番茄脐腐病，最初果顶脐部附近果肉出现水渍状坏死，但果皮完好，以后病部组织崩溃，继而黑化、干缩、下陷，一般不落果，无病部分仍继续发育，并可着色，此病常在幼果膨大期发生，越过此期一般不再发生。甜椒也有类似症状。
大白菜和甘蓝的缘腐病，叶球内叶片边缘由水渍状变为果浆色，继而褐化坏死、腐烂，干燥时似豆腐皮状，极脆，又名“干烧心”、“干边”、“内部顶烧症”等，病株外观无特殊症状，纵剖叶球时在剖面的中上部出现棕褐色弧形层状带，叶球最外第1-3叶和中心稚叶一般不发病。
胡萝卜缺钙根部出现裂隙。莴苣顶端出现灼伤。西瓜、黄瓜和芹菜的顶端生长点坏死、腐烂。香瓜容易发生“发酵果”，整个瓜软腐，按压时出现泡沫。
苹果缺钙会出现苦陷病，又名“苦痘病”，病果发育不良，表面出现下陷斑点，先见于果顶，果肉组织变软、干枯，有苦味，此病在采收前即可出现，但以储藏期发生为多。苹果缺钙还可以引起水心病，果肉组织呈半透明水渍状，先出现在果肉维管束周围，向外呈放射状扩展，病变组织质地松软，有异味，病果采收后在储藏期间病变继续发展，最终果肉细胞间隙充满汁液而导致内部腐烂。
梨缺钙极易早衰，果皮出现枯斑，果心发黄，甚至果肉坏死，果实品质低劣。苜蓿对钙最敏感，常作为缺钙指示作物，需钙量多的作物有紫花苜蓿、芦笋、菜豆、豌豆、大豆、向日葵、草木樨、花生、番茄、芹菜、大白菜、花椰等作物。其次为烟草、番茄、大白菜、结球甘蓝、玉米、大麦、小麦、甜菜、马铃薯、苹果。而谷类作物、桃树、菠萝等需钙较少。
根据作物外观症状可判断是否缺钙及其程度。应注意与缺硼某些症状相区别，如生长点及根尖枯萎、死亡，嫩芽及新叶扭曲、变形等。缺硼叶片、叶柄易脆，常产生褐色物质使组织变色，而缺钙叶柄无此症状，只分泌出透明粘液，可以判别。
