畜禽养殖业在为人类生活提供丰富的肉、蛋、奶等食物的同时，也不可避免地带来环境污染，污染了水体与空气，粪便中的病原微生物可能导致疫病传播。我国已经发布了《畜禽养殖业污染防治办法》和《畜禽养殖业污染物排放标准》，加大了对畜禽养殖业的监督管理和治理力度。但是，由于部分养殖企业过分强调末端治理，忽视了整体结构调整和全过程控制，治理模式单一，未与当地生态环境结合以及缺乏长效运行管理机制，治理效果不够理想，没有从根本上解决畜禽养殖业的环境污染问题。
畜禽养殖生产有着自身的规律，污染物的产生和排放贯穿于每个生产工艺中，养殖场所在地的生态环境背景也与工业企业不同，一般都处于农村地区和耕地附近。因此，不能只用传统的末端治理思路和单一的治理方法来治理养殖业污染。根据国内外治理畜禽养殖业污染的经验，笔者认为，应提倡生态化和多样化的治理模式。
生态化的治理模式就是以生态学的原理和循环经济的思想为指导，结合畜禽场所在地的生态环境实际情况，采用生态工程和环境工程相结合、污染治理与综合利用相结合的方法，实现畜禽场的清洁生产、节能减排和废弃物资源化与物质、能源的循环利用。
首先，应对每个区县和乡镇的养殖业进行总体规划，根据市场需求调整养殖结构，合理安排养殖对象的种类和产量；其次，应重视养殖业的污染全过程控制，把清洁生产和循环经济的理念引入养殖生产中，形成“种植—养殖—加工业”的良性循环。
养殖场内或周边有农田的，应做到种植业与养殖业相结合，优先考虑将处理后的污水和无害化的粪便及其产物作为肥水资源，实现污水的零排放。例如，
北京市平谷区的一家生态农业公司，将种植业和养殖业结合起来，养殖业的粪便和污水作为原料生产沼气，用于本企业的能源；沼液和沼渣作为肥料施用于本园区内的蔬菜大棚，实现了园区内部的良性循环。
多样化治理包括养殖生产工艺的多样化和治理方法的多样化。
畜禽养殖废水是一种高浓度的有机废水，许多养殖场为了实现达标排放，多采用工业企业有机废水的治理技术，例如厌氧消化、生物膜或生物转盘等方法治理，收到了一定成效；但是由于运转费用高和缺乏有效的支持，很多养殖场的污染处理设施建成后缺乏运行资金，不能保证长期运行。
近年来，一些地区的养殖企业探索了生物床技术，即在养殖场圈舍里铺上一层秸秆，上面再垫上锯末等粉末状物质，添加生物菌种，实现干法养殖。北京市大兴区已有部分养猪场采用了这种养殖模式，取得了良好效果。
此外，还有一些养殖场附近有比较宽阔的水塘，可以采用氧化塘的方法来处理养殖污水，处理后的污水可用于灌溉或养鱼。总之，应采用适用的技术方法进行治理，不能为了追求形式，采用单一的方法，对养殖企业“一刀切”。
