当前果园施用的有机肥料多为农家肥，这些肥料中含有大量的氮、磷、钾及一定量的中微量元素和生物活性物质，不仅能为果树提供全面营养，而且肥效长，可以增加和更新土壤有机质，增强土壤保水、保肥和供肥能力。但果树需要养分的平衡供给，有机肥中的养分虽然十分丰富，但氮、磷、钾的比例和含量还不能完全满足果树生长需求。尤其是在有机肥的堆沤腐熟过程中，氮的含量会进一步下降，如果单施有机肥要满足氮的需求量，磷、钾就会过量，造成浪费；如果磷、钾正好满足了果树的需要，氮肥就不足。因此，单纯施用有机肥不能同时满足果树对氮磷钾的需求，应当与化肥配合施用。
2.未经腐熟的有机肥对果树有危害
（1）农家肥大多来源于动物粪便，富含大量的有机质
这些有机肥未腐熟时其养分状态是缓效性的，不能被果树根系直接吸收和利用，如果将其施入，在地下腐熟过程中，易产生热量造成根部灼伤（俗称“烧根”），引发根腐病。
（2）营养释放与树体需肥不同步
秋季施入未经腐熟的有机肥后，秋冬季土壤温度低，地下腐熟需要较长时间。第2年春季，地温虽高，但北方春季一般雨水偏少，施入的有机肥腐熟速度仍然很慢，此时树体需要大量的营养物质来供给树体开花结果，有机肥所释放出的有限的有机营养无法满足树体的需求。当进入第二年夏秋季后，上年未经腐熟的有机肥腐熟速度明显加快，释放出更多的可被树体吸收的有机营养物质，导致树体生长加快，大量冒条，营养生长过剩，花芽分化能力差，使大量的有机营养物质白白浪费，树体营养供给失调。
（3）易招惹地下越冬的害虫
未经腐熟的有机肥由于含有大量的动物性有机质，故而成为许多果树害虫的理想越冬场所，特别容易招惹为害果树的各类金龟子（蛴螬）、桃小食心虫、尺蠖、舟形毛虫、梨花网蝽等，对来年虫害防治极为不利。
3.有机肥的堆沤腐熟与施用
在堆沤未腐熟的有机肥时，堆肥场地要选在背风、向阳、地势高的地方，在堆肥地面铺农膜或选水泥地面，要将农家肥中的畜粪结块打碎，秸秆要铡碎在5厘米以下进行碾压，并要混入约3％左右的过磷酸钙和粪土翻匀后进行堆积。堆制好后把表面用铁锨拍平，用泥抹10厘米左右厚或用农膜覆盖，四周压严，制造缺氧环境，使之尽快腐熟。当有机肥颜色由原来的灰色变成紫色、黑色，质地松散，有恶臭味时，说明已经腐熟。施用有机肥时，应选择树冠垂直投影下以外部位，开挖宽30～40厘米、深30～40厘米的施肥沟，将有机肥与适量化肥（氮、磷肥）和表土混均匀后投入施肥沟底，最后用翻出的底层生土覆盖，或进行全园撒施，撒施后翻入土层。
