1.果园配套基础设施不到位 矮砧栽培较常规栽培先期投入大，矮化自根砧苗的价格是常规苗木的4～5倍，因矮化苗木根系浅，必须配套支架立柱、水肥一体化，有些果园由于受到资金限制，没有及时架设支架立柱，大雨后又遇到大风，容易导致树体倒伏，造成树弱，而且东倒西歪，园相不整齐。有的果园没有配套水肥一体化和覆盖设施，由于矮砧苹果根系浅，对外界适应性差，遇到干旱，树长势差，容易造成小老树，要想恢复树势不太容易。
2.栽植深度不一致，果园整齐度差 有些果园栽树前没有进行土地整平、大水沉实，栽植后，一浇水，深的深，浅的浅，造成树体生长不一，强的强，弱的弱，为以后的生产、管理带来极大的不便。
3.整形修剪中存在两个极端 一种是惜枝如命，舍不得去枝，造成基部枝过大，干性弱，树体横向生长过快，很快交冠；另一种是过分强调树形，只要分枝超过中干1/3粗，就要疏掉，甚至不惜连年疏枝造成树体营养生长过剩，树形是好看了，可不利于树体稳定和可持续生产。
4.生草果园依然不多 由于受传统观念影响，大多数果园还在实行清耕制，有的甚至靠除草剂杀除杂草，严重破坏果园生态，对果树根系损伤严重，尤其对根系浅的矮砧树，除草剂的危害更为严重。
5.栽植时不规范 矮化自根砧苗，要求栽植深度和苗木一致，嫁接口露出地面5厘米左右，切忌将嫁接口埋上，否则容易造成品种生根，使树体失去矮化作用，影响树体的生长和果实的品质。
二、解决办法
1.建园时一定要配套支架立柱 矮砧苹果树没有垂直根，以侧生根、细根为主，因此固地性差，建园时必须设立水泥支柱，一般沿树行每15～20米一根，为抗风，地两头的支柱须斜拉铁丝固定，支柱之间拉三道铁丝，将树干固定到铁丝上（不能直接将树绑到铁丝上，为防止铁丝磨伤树干，树干上绑胶皮或木条，而且绑时给树留有活动余地，不能勒紧）。
随着树干的增高，逐渐将树干和枝条固定于铁丝上，以增强树体稳定性，扶强中干，将枝条拉到铁丝上固定，达到开角的目的，缓和枝条的长势，促使其及早成花。只有这样才能早投产，早受益。
2.必须配套水肥一体化，最起码有微灌措施微喷、滴灌管顺行放置，每株树留有喷头或滴头，根据物候期和树体生长状况进行喷水，保证树体正常、有节奏地生长，最好结合树盘覆盖，可以减少土壤蒸发，稳定根系生长环境。可以覆盖腐熟的厩肥、作物秸秆、园艺地布等。
3.保证栽植深度一致矮化苗的生长势和栽植深度有很大的关系，不管是什么砧木，栽植时都不要将品种嫁接口埋进地下，以免品种生根。冬前开沟，回填，必须浇大水沉实，开春立即进行起垄，栽前离地5厘米左右顺行拉绳，栽植时，只要嫁接口与绳齐平即可。
4.培养纺锤形树形培养强壮的中干，在中干上螺旋着生30个以上的结果枝组。纺锤形树形的首要条件必须强中干。
5.必须生草矮砧栽培要求土壤条件较高，但我国的苹果园土壤有机质含量严重不足，都在1%以下，又没有足够的有机肥补充，生草是提高土壤有机质含量的有效方法，而且生草还能丰富果园的生物群落，稳定果树根系生态环境，对果树生长非常有利。可以进行自然生草或人工生草，选择鼠茅草、早熟禾、毛叶苕子等，生草要结合气候条件，每年刈割3～5次，割下的草覆于树盘，结合秋施基肥埋于地下。人工生草需经常往草上洒点尿素，促进草的生长，以免与果树争肥，3～4年翻耕一次。
