生产上苹果育苗常用海棠作砧木。然而由于海棠种子价格较高，苹果种子便宜，为了节约成本，有相当一部分农民用果汁厂的下脚料苹果种子育苗。
苹果树是砧木嫁接品种接穗成苗结果的树种，因为苹果种子做砧木育苗，嫁接苹果品种属“共砧”，会有好有坏，坏的表现为根系不发达，抗病、抗旱、抗寒、抗逆性差，苹果树寿命短、产量低、质量差。
为了让广大果农正确辨认海棠砧木和苹果种子砧木，根据笔者多年的经验，总结出以下六点区别供果农参考。
一是种子区别
海棠种子个头较小，微黄。苹果种子个头较大，微红。
二是根系区别
海棠种子生出的根系细小的须根拐弯多、不顺直，侧根细并无明显皱褶且光滑，根皮薄，毛根多，根较软。苹果种子生出的根系须根较直，侧根粗并有明显的皱褶，根皮厚，毛根少，根较硬。
三是根茎区别
海棠苗根茎处青绿色，苹果苗根茎处灰绿色。
四是枝条区别
海棠砧木枝条表皮白色的星点小而稀，苹果砧木枝条表皮白色星点大而密。
五是发芽时间区别
海棠砧木发芽早，苹果种子砧木发芽晚。
六是生长势区别
海棠砧木当年幼苗期生长慢，后期特别是第二年以后生长快；苹果砧木当年幼苗期生长快，后期特别是第二年以后生长明显比海棠砧木慢。
