以有机肥料为主底肥以有机肥料为主，配合施用适量化肥。从草莓种植的吸肥规律来看，后期需要吸收大量的肥料，尤其是磷、钾肥，有机肥的分解进程表明，后期正好释放大量的磷、钾，可以满足草莓的生长需求。每亩施充分腐熟的有机肥3000~3500公斤或商品有机肥400~450公斤。同时加入三元复合肥15~20公斤或尿素5~6公斤、磷酸二铵15~20公斤、硫酸钾5~6公斤。
辅以生物有机肥草莓原则上不宜重茬，否则易发生根腐病等根部病害，因此温室必须进行土壤消毒，为弥补土壤消毒有益微生物的损失，施底肥时配施生物有机肥，施用量为每亩100~150公斤。生物有机肥含有丰富的有机质和多种有益微生物，既可以改善土壤结构和理化性质，又可以为作物生长提供足够的营养物质，其含有的多种有益微生物群可代谢产生多种酶和有机酸，可以促进土壤中难分解的养分，增强土壤养分的有效性和易吸收性。有益微生物群在生长过程中还可以产生多种维生素、生长刺激物质，可以有效促进根系生长发育。
底肥的施用应在土壤翻耕时进行施用，深度应掌握在20厘米左右，保证肥料均匀分布，并应清除硬土块、石头、杂草、碎薄膜等杂物。
