土壤中有机质是农作物生长发育的重要保证，增加土壤有机质的措施必须从开源和节流两方面考虑。开源就是要多生产有机质，广辟有机肥料来源。节流是要把土壤本身生产的有机质尽可能多地还给土壤，并通过耕作措施和合理的作物布局减少土壤有机质的分解消耗。通俗地说，常用的途径就是种、还、施三结合的手段。种，适当地种植绿肥作物；还，秸秆还田；施，增施有机肥。
种植绿肥既作土壤覆盖，又是增加土壤有机质的有效途径。据试验，无论何种土地，每年亩翻压1吨绿肥鲜草，5年后土壤有机质增加0.1-0.2%，全氮提高0.011%，总腐殖酸增加6.1%，活性有机质提高17.4%。
利用秸秆还田，提高土壤生物产量的返还率。秸秆含有丰富的有机质和矿物营养元素，若秸秆不还田，有机质和矿物损失不能归还土壤，长期持续下去，会造成土壤有机质的匮乏，影响作物生长。利用金宝贝发酵剂对秸秆进行发酵后再返田，效果更好。
增施金宝贝菌肥，可以改善土壤结构，增加土壤中有机物构成，维护土壤生态平衡。若在施肥时忽视有机肥的投入，则会破坏土壤生态平衡，如东北黑土地是我国公认的肥沃良土，由于倚重化肥轻视有机肥，地力明显下降，有机质含量已由刚开垦时的8-10%，降至目前的1-5%，大片黑土地正在由黑变黄。
