出苗晚主要由于育苗后，遇到低温阴雨天气，床内水分下渗，床土表层缺水，出苗受到影响。应选择晴天中午用喷雾器喷水补充水分，保持湿度，促使出苗。
烧苗烧苗多发生在温度多变的育苗中期，是苗期管理不善造成的一种高温生理灾害。晴天应做好通风管理，尤其是晴天中午气温超过20℃时全揭膜，苗小苗弱时遮阳防烧苗。
闪苗闪苗是一种因通风管理不当而造成幼苗生长环境突变的生理病害。幼苗揭膜后产生萎缩现象，随之叶缘上卷，叶片变白干枯。应注意及时通风，风口开在背风面并调换放风口。
僵苗僵苗是苗床土壤管理不良和苗床结构不合理造成的一种生理障碍，表现为叶片黄小，生长慢，茎秆细、硬。应增加光照，及时灌好苗期水，保持床土土壤水分70%~80%，并喷施壮多收等叶面肥，促进幼苗生长。
苗期病害的预防辣椒苗期病害主要是猝倒病、立枯病。低温高湿易引起猝倒病，高温高湿易发生立枯病，应及时用70%甲基托布津800倍或50%代森锰锌500倍液喷雾预防。
